ChimerMarker GeneMarker フラグメント解析

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STR(Short Tandem Repeat)-PCR法キメリズム解析ソフトウェア

​ChimerMarker

STR(Short Tandem Repeat)-PCR法キメリズム解析ソフトウェアChimerMarker (キメラマーカー)は、同社製DNAフラグメント解析ソフトウェアGeneMarker(ジーンマーカー)をベースにした、STR-PCR法キメリズム解析に特化したDNAフラグメント解析ソフトウェアです。アロジェニックもしくは自家両方の幹細胞移植造血幹細胞移植骨髄移植末梢血幹細胞移植後サンプルでのキメリズムレベルを定量的にモニタリングするために使用することができます。移植前ドナー、レシピエントサンプルのSTRデータからキメリズム解析用パネル(Chimertyping Panel)をソフトウェアが自動で作成し、移殖後サンプルデータからドナー由来ピークとレシピエント由来ピークを自動検出します。ドナーとレシピエントで共通するアレルは自動的に無視され、識別可能なアレルを用いて解析が行われます。ChimerMarkerソフトウェアにより正確かつ迅速なジェノタイピングとキメリズム解析が可能です;

ChimerMarker キメリズム

ChimerMarker ソフトウェアは、タイムポイントにおけるサンプル間比較に基づく個別モニタリングのための経時解析レポートや包括括的キメリズム解析レポートなどの作成が可能です。キメリズム解析はDr. Don Kristtの手法を使用した反復計算を行います。またMaternal Cell Contamination (MCC) アプリケーションにも対応しています。ABI®PRISMなどのジェネティックアナライザー、Identifiler®PowerPlex®16PowerPlex®ESIを含むSTRジェノタイピング用ケミストリー(カスタムプライマーまたは各社カタログケミストリー)に対応しています。ジェノタイピングソフトウェアからキメリズム解析ソフトウェアへのデータ移行など間違えやすいステップが無いため、容易かつ完全にジェノタイピングからキメリズム解析へと連携できます。

アプリケーションノート:

  • 移殖後サンプルのSTRに基づく自動キメリズム解析(キメリズム検出、定量、モニタリング)(PDF)

  • ChimerMarkerを用いた自動キメリズム解析 (PDF)

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正確なサイズコールとアレルコール

ChimerMarkerソフトウェアは以下の特徴により、キメリズム解析を効率化します;

  • 正確なサイズコールと独自のパターン認識技術

  • 使いやすい3つのダイアログボックスでのパラメーター設定による複数系統ケースの一貫した解析

  • オートランやナビゲーションリンク、クオリティフラグ、オーディットトレイルなど解析の効率化機能

  • 生着率を定量できるSTR座位を自動的に決定

​解析パラメーターの設定は使いやすい3つのダイアログボックスで完了します。一度設定した解析パラメーターは次回以降の解析で使用できるよう保存することが可能です。次回以降の解析では、保存した解析パラメーターを使って1回のクリックで自動解析を行えます。解析設定には、よくあるケミストリーアーチファクトを補正する(Pull-up、ピークサチュレーション、スパイク除去)オプションが含まれます。ChimerMarkerソフトウェアは、ケース独自のキメラタイピングパネルを自動的に構築することにより、移植後サンプル中のレシピエントピークとドナーピークを検出します。

ChimerMarker キメリズム

図1:使いやすいインターフェースの3つの解析設定ダイアログボックス(Run Wizard)。ヒト個人識別によく使用されるパネルやサイズスタンダードは最初からソフトウェアにロードされています。

ChimerMarker キメリズム

図2:3サンプル(移植前ドナー、移植前レシピエント、移植2週間後のレシピエントT細胞)のジェノタイピング結果を表示した解析ウインドウ。移植後サンプルで2つのアレル(D13S317の10、D7S820の8)に赤いフラグが付いています。アレルコールとアーチファクトフィルタリングのパラメーターは各座位について個別に設定できます。ジェノタイピング結果(アレル、ピーク高、ピーク面積など)はテキストファイル(.txt)かエクセルファイル(.xls)でエクスポート可能です。

サイズキャリブレーション

ChimerMarker キメリズム

図3: Size Calibrationウインドウではサイズコールが一目で確認できます。この例では、全サンプルが線形範囲にあり、正確にサイズコールされています。

移植後サンプル

ChimerMarker キメリズム

図4:キメラタイピングパネルを使って解析された移植後サンプル。ChimerMarkerソフトウェアはドナー1、ドナー2、レシピエントのピークを識別してラベルを付けます。また各座位のサンプル間で共通しているアレルのピーク(D1D2R、D1Rなど)の由来をレポートします。ドナー、レシピエントそれぞれについて、同じ座位のSister Allele(s)のピーク高もしくはピーク面積によるHeterozygous imbalancesも算出されます。キメラタイピングの結果(アレルコール、Origin(ドナー、レシピエント、共通)、ピーク面積、ピーク高など)はテキストファイル(.txt)かエクセルファイル(.xls)でエクスポート可能です。

複数系統サンプル

ChimerMarker キメリズム

図5:ChimerMarkerソフトウェアは、各ケースについて、最大5つのTissueタイプと複数ドナーの解析が行えます。各サンプルに同じパラメーターを使うことにより正確かつ高速な解析が可能です。

動作環境

PC

​OS:Windows®   32 or 64 bit OS: Vista, 7, 8 , 10
CPU:シングルコア以上
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

Intel® Powered Macintosh Computer
OS: 10.4.6(要 Parallels desktop for MAC

もしくは Apple Boot Camp)
Windows®   32 or 64 bit OS
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください。

記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です。

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