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STR(Short Tandem Repeat)－PCR法キメリズム解析ソフトウェア
ChimerMarker

ChimerMarke概要

GeneMarker/GeneMarkerHID/ChimerMarkerの違いはこちら

キメリズム解析ソフトウェアChimerMarker （キメラマーカー）は、SoftGenetics社製DNAフラグメント解析ソフトウェアGeneMarker（ジーンマーカー）をベースにした、STR－PCR法キメリズム解析に特化したDNAフラグメント解析ソフトウェアです。アロジェニックもしくは自家両方の幹細胞移植や造血幹細胞移植、骨髄移植、末梢血幹細胞移植後サンプルでのキメリズムレベルを定量的にモニタリングするために使用することができます。移植前ドナー、レシピエントサンプルのSTRデータから、ソフトウェアが自動でキメリズム解析用パネルを作成し、移殖後サンプルデータからドナー由来アレルピークとレシピエント由来アレルピークを自動検出します。ドナーとレシピエントで共通するアレルは自動的に無視され、識別可能なアレルを用いて解析が行われます。ChimerMarkerソフトウェアにより正確かつ迅速なジェノタイピングとキメリズム解析が可能です；

骨髄移植サンプルのドナー/レシピエントピークの自動識別
シングルドナー・ダブルドナーそれぞれのケースにおけるキメリズム％とQuality metricsの計算
骨髄移植サンプルモニタリング機能
T細胞、B細胞その他細胞集団のキメリズム解析用複数系統機能

ChimerMarker ソフトウェアは、タイムポイントにおけるサンプル間比較に基いた個別モニタリングのための経時解析レポートや包括的キメリズム解析レポートなどの作成が可能です。キメリズム解析はDr. Don Kristtの手法を使用した反復計算を行います。またMaternal Cell Contamination (MCC) アプリケーションにも対応しています。ABI®PRISMなどのジェネティックアナライザ、Identifiler®、PowerPlex®16、PowerPlex®ESIを含むSTRジェノタイピング用ケミストリ（カスタムプライマーまたは各社カタログケミストリ）に対応しています。ジェノタイピングソフトウェアからキメリズム解析ツールへのデータ移行など人的エラーの起こりすいステップが無いため、容易かつ完全にジェノタイピングからキメリズム解析へと連携できます。

　正確なサイズ/アレルコール

正確なサイズコールとアレルコール

ChimerMarkerソフトウェアは以下の特徴により、キメリズム解析を効率化します；

正確なサイズコールと独自のパターン認識技術
使いやすい3つのダイアログボックスでのパラメーター設定による複数系統ケースの一貫した解析
オートランやナビゲーションリンク、クオリティフラグ、オーディットトレイルなど解析の効率化機能
生着率を定量できるSTR座位を自動的に決定

解析パラメーターの設定は使いやすい3つのダイアログボックスで完了します。一度設定した解析パラメーターは次回以降の解析で使用できるよう保存することが可能です。次回以降の解析では、保存した解析パラメーターを使って1回のクリックで自動解析を行えます。解析設定には、よくあるケミストリーアーチファクトを補正するオプションも含まれます。ChimerMarkerソフトウェアは、ケース独自のキメラタイピングパネルを自動的に構築することにより、移植後サンプル中のレシピエントピークとドナーピークを検出します。

図1：使いやすいインターフェースの3つの解析設定ダイアログボックス（Run Wizard）。ヒト個人識別によく使用されるキットのパネルやサイズスタンダードは最初からソフトウェアにロードされています。

図2：3サンプル（移植前ドナー、移植前レシピエント、移植2週間後のレシピエントT細胞）のジェノタイピング結果を表示した解析ウインドウ。アレルコールとアーチファクトフィルタリングのパラメーターは各座位について個別に設定できます。ジェノタイピング結果（アレル、ピーク高、ピーク面積など）はテキストファイル（.txt）かエクセルファイル（.xls）でエクスポート可能です。

　サイズキャリブレーション

図3： Size Calibrationウインドウではサイズコールの成否が一目で確認できます。この例では、全サンプルの検量線が直線性を示しており、正確にサイズコールされています。

　移植後サンプル

図4：キメラタイピングパネルを使って解析された移植後サンプル。ChimerMarkerソフトウェアは、ドナー1、ドナー2、レシピエント由来のピークを識別してラベルを付けます（図ではピーク頂部のR、D1等のラベル）。またサンプル間で共通しているアレルのピークの由来をレポートします（D1D2R（ドナー1・2・レシピエントで共通）、D1R（ドナー1・レシピエントで共通）など）。ドナー、レシピエントそれぞれについて、同じ座位のSister Allele（s）のヘテロ接合体ピークインバランスも算出されます。キメラタイピングの結果（アレルコール、由来（ドナー、レシピエント、共通）、ピーク面積、ピーク高など）はテキストファイル（.txt）かエクセルファイル（.xls）でエクスポート可能です。

　複数系統サンプル

価格/納期

動作環境/ライセンスオプション