GeneMarkerソフトウェアのRepeat Expansionアプリケーションは反復数の計算を行います；フラグメントサイズを反復配列長に変換します。解析パラメーターとレポート形式は研究室のSOP（Standard Operating Procedure）に合うよう簡単にカスタマイズできます。Mobility係数は既知のリピートフラグメントをもつキャリブレータ―サンプルから自動的に算出され、もしくは研究室で評価した数値をマニュアルで入力することも可能です。レポートオプションとしては、解析結果表をExcelファイル（.xls）やテキストファイル（.txt）、PDFファイル（.pdf）、画像ファイル（.png, .jpg）などでサンプルごとにレポート出力したり、プロジェクトサマリレポートを出力したりすることができます。