GeneMarker, SoftGenetics, MSI, マイクロサテライト不安定
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GeneMarkerソフトウェアのRepeat Expansionアプリケーションは反復数の計算を行います;フラグメントサイズを反復配列長に変換します。解析パラメーターとレポート形式は研究室のSOP(Standard Operating Procedure)に合うよう簡単にカスタマイズできます。Mobility係数は既知のリピートフラグメントをもつキャリブレータ―サンプルから自動的に算出され、もしくは研究室で評価した数値をマニュアルで入力することも可能です。レポートオプションとしては、解析結果表をExcelファイル(.xls)やテキストファイル(.txt)、PDFファイル(.pdf)、画像ファイル(.png, .jpg)などでサンプルごとにレポート出力したり、プロジェクトサマリレポートを出力したりすることができます。

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解析のカスタマイズ

(A)既存の解析テンプレートを選択するか、新規解析テンプレートを作成します。
(B)リピートカテゴリ、リピート数のCutoff値、レポートでのハイライトカラーを指定します。
(C)キャリブレータサンプルを使って補正係数を計算します。もしくは任意の数値をマニュアルで入力します。

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解析結果

スクリーン左のナビゲーターの一番上にキャリブレーターサンプルが表示されています。その下に全サンプルがリストアップされています。サンプルを選択してエレクトロフェログラムと解析結果テーブルを閲覧します。解析結果テーブル上で右クリックすると不要な列を非表示にできます。解析結果はExcelファイルかテキストファイルで保存可能です。

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​通常レポート

各サンプルの個別レポートです。研究室や解析、サンプルの情報が含まれるヘッダーと、エレクトロフェログラム、レポートテーブルで構成されています。画像ファイル(/pdf/.png/.jpg)として保存もしくはプリントアウトできます。

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​サマリーレポート

サマリーレポートのタイトルは解析テンプレート名に従って付けられます。プロジェクトの各サンプルのジェノタイプカテゴリーやフラグメントの反復数を含むサマリーテーブルで構成されています。

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​詳細サマリーレポート

詳細サマリーレポートにはプロジェクトの各サンプルの算出された反復数やピーク高が表示されます。