AutoRunツールを使ってさまざまなサンガーシーケンスプロジェクトのバッチ処理を行えます。この自動バッチ処理機能を使用することにより、Mutation Surveyorソフトウェアの感度や正確性の高さを維持しながら、所定の時間間隔で多くの解析を実行できます。プロジェクトの解析設定やサンプルファイル、リファレンスファイル、解析後のレポートなどがジョブとして設定可能です。Mutation Surveyor AutoRunツールはそれからジョブファイルのディレクトリをスキャンし、自動的にMutation Surveyorを立ち上げ解析を実行します。ジョブにはまだキャピラリー電気泳動システムから生成されていないサンプルファイルを含めることも可能です。サンプルファイルがディレクトリに追加された後にジョジョを処理するよう、時間間隔を設定することも可能です。