Mutation Surveyor,SoftGenetics, ゲノム編集, CRISPR-Cas9, ヘテロ接合 バリアント

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サンガーシーケンス変異解析ソフトウェア Mutation Surveyor

※よりお求めやすい安価なオプションもご用意しております。お気軽にご相談ください。

Mutation Surveyor ソフトウェアは、ダイレクトシーケンス、PCRシーケンス、ミトコンドリアDNAシーケンス、リシーケンスプロジェクトにおけるSNP挿入欠失(Indel)体細胞変異など変異解析に特化したサンガーシーケンス変異解析ソフトウェアです。変異型シーケンス波形データと野生型シーケンス波形データのピーク同士を直接比較しその差異を検出する「アンチ-コリレーションテクノロジー」により、サンガーシーケンスデータから99.5%の正確性とプライマリピークの5%の感度での変異検出を実現しています。Applied Biosystemsジェネティックアナライザーなど主要なキャピラリーシーケンサーから出力されるABI/AB1ファイル(.abi/.ab1)、SCFファイル(.scf)などのファイル形式に対応しています。優れた正確性、感度、低擬陽性で、最大2,000シーケンスファイルを15分で解析することが可能です。

※ぜひご自分のデータでお試しください【35日間フリートライアルの申し込みはこちら

 (対応データ:.abi/.ab1/.scf(リファレンス・サンプル))

日本語カタログ

Brochure (ENG)

ユーザーマニュアル

※日本語の資料をご要望の方はその旨ご連絡ください。

​Reference&Track Manager 

ユーザーマニュアル

(Mutation Surveyor ver.5.1.0以降)

  • ライセンス※1

  • 価格:お問い合わせください。

より安価な年間ライセンス版も相談承ります。

 お気軽にお問い合わせ下さい。

※1 スタンドアロン・ネットワークとも2年目以降も同じバージョンのまま

    使用できますが、バージョンアップには別途有償のアップグレード・

    テクニカルサポート契約が必要です。

※2 テキストライセンスはPC固定です。アップグレード・テクニカル

    サポート契約中は正当な事由があればPC間のライセンス移行は可能です

    が、契約期間外はライセンスのPC移行はできません。

    ドングルの場合はソフトウェアをインストールしたPCのUSBポート

          (タイプA)にドングルを挿入するとソフトウェアが使用できます。

 

シーケンス波形データからヘテロ接合Indelを自動検出

混合波形データからヘテロ接合挿入・欠失の自動検出が可能です.サンプル混合波形データをデコンボリューション(Deconvolution)によりリファレンス(野生型アレル波形)にマッチする波形と変異型アレル波形に分離し、変異アレル波形をリファレンス波形データへ再アライメントして挿入・欠失の位置を決定します。

ゲノム編集 Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

【サンプル混合波形データのデコンボリューション】

サンプルのヘテロ変異型混合波形データ(図中B)が野生型アレル波形(C)(リファレンスとした野生型波形データ(A)とマッチ)と変異型アレル波形(D)に分解されます.変異型アレル波形(D)はリファレンス波形(A)に再アライメントされ、最終的にヘテロ接合Indelの位置が決定されます(E, F).

​アプリケーションノー

  • バリアントナレッジベース (PDF)  Variant Knowledge Base

  • ヘテロINDEL検出 (PDF)                    Hetero INDEL Detection 

  • 体細胞変異検出 (PDF)                             Somatic Mutation Detection

  • 変異定量機能 (PDF)                                 Mutation Quantification

  • DNAメチレーション解析 (PDF)             Methylation Analysis

  • 高頻度可変領域変異検出 (PDF)                   Hypervariable Region Variant Detection

  • ミトコンドリアDNA解析 (PDF)   Mitochondrial DNA Sequence Analysis

  • ユーザーマネジメントシステム (PDF)   User Management & Audit Trail

 

動作環境

PC

​OS:Windows®   32または64 bit OS / Vista, 7, 8 , 10
CPU:シングルコア以上
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

Intel® Powered Macintosh Computer
OS: 10.4.6(要 Parallels desktop for MAC

もしくは Apple Boot Camp)
Windows®   32 or 64 bit OS
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

※Reference & Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。またdbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。

※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください.

プロジェクトセットアップ

プロジェクトファイルタイプ

Mutation Surveyorプロジェクトには最大3種類のファイル(サンプルファイル、リファレンスファイル、GenBankファイル)を入力できます。各ファイルはそれぞれ異なる目的を果たし、それぞれ独自の要件があります。

<GenBankファイル>・・・GBK、GB、SEQファイル形式に対応(オプション)

リファレンスのトレースデータが無い場合は、GenBankファイルの塩基配列を元にサンプルトレースデータに対応した合成リファレンスファイルを自動作成します。その他、GenBankファイルがもつCDSに対応するアミノ酸翻訳情報などが使用されます。

<リファレンスファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応

リファレンスファイルはサンプルファイルを比較したい既知の塩基配列を含むファイルです。リファレンスファイルはMutation Surveyor プロジェクトに常に必要ですが、GenBankファイルから合成することも可能です。

<サンプルファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応

サンプルファイルとはユーザーが決定したい未知の塩基配列を含むファイルです。

 
Mutation Surveyor Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です.

プロジェクト設定

サンプルファイルをリファレンスファイルへアライメントしMutation検出を行う前に必要に応じてRun設定を変更できます。Run設定には解析設定と出力/表示設定があり、解析設定ではクオリティの低いトレース末端をMutation検出対象領域から除外したり、Mutationの検出閾値を設定することが可能です。解析設定はプロジェクトのRun前にしか行えません。出力/表示設定はRun後も変更可能です。Run設定を行うProject Settingsダイアログボックスは7枚のタブ(Inputタブ、Contigタブ、Mutationタブ、Outputタブ、Displayタブ、2 Directionsタブ、Othersタブ)で構成されています。DNAメチレーション解析や低頻度変異解析を行う際は設定を変更する必要があります。

 

アンチコリレーションテクノロジーによる迅速・正確な変異検出

Mutation Surveyor ソフトウェアの最も特徴的な機能の一つに、サンプルトレース(シーケンス波形データ)とリファレンストレースデータを直接比較する独自技術の「アンチ・コリレーションテクノロジー」とマルチステップアライメントアルゴリズムがあります。これらの機能によりサンガーシーケンストレースデータからSNP、Indel、重複、モザイクやヘテロプラスミーに関連する低頻度DNAバリアントを迅速かつ正確に検出できます。

 サンプルトレース(2段目、5段目)において2つのSNPが検出されています。Mutation Surveyor®のアンチコリレーションテクノロジーにより、サンプルトレースとリファレンストレース(1段目、6段目)のピークプロファイルが異なると認識された箇所が、画面中央段(3段目、4段目)のMutationトレースにピークとして示されています。

グラフィカルアナリシスディスプレイ(GAD)

MutationトレースとMutation検出例

Mutation SurveyorプロジェクトのRunが終わると、画面が自動的にグラフィカルアナリシスディスプレイ(GAD)に切り替わります。GADは中央のトレースフレーム(リファレンストレース、サンプルトレース、Mutationトレース)と下部のMutationテーブル、ナビゲーターと各配列/トラックフレームで構成され、必要に応じて表示を切り替えられます。検出されたMutationはMutationトレースとMutationテーブルで確認できます(下図)。各フレームは連動しているほか、トレースフレームと配列/トラックフレームはマウス操作で拡大縮小・スクロールでき直感的な操作が可能です。

 
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

縮小表示しトレース全体を俯瞰したトレースフレーム。青矢印がMutationトレース。Mutation(ここでは一塩基置換)が検出された位置にはピークが立ちピーク横に各スコアが表示されています(赤矢印)。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

MutationテーブルのMutationをダブルクリックすると、選択したMutationの位置がMutationトレース上で拡大表示され各トレースのピークが確認できます。上図はホモ接合性一塩基置換検出の例。

(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor

ヘテロ接合性一塩基置換検出の例。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

ホモ接合性挿入検出の例。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

ホモ接合性重複検出の例。(図をクリックすると拡大します)

ヘテロ接合性Indel検出とHet Indel Detectionツール

Mutation Surveyorではマルチステップアライメントとサンプルトレースのデコンボリューションによりヘテロ接合性Indelを自動検出することが可能です。ヘテロ接合Indelを検出すると自動的にHet Indel Detectionツールが開き、サンプルトレースをリファレンスにマッチするアレル波形とそれ以外のアレル波形を確認できます。リファレンスにマッチしないアレル波形はそれのみで再度リファレンスにアライメントされヘテロ接合Indelの正確な位置を特定します。Het Indel Detectionツールはトレース中の任意の領域に使用することも可能です。

 
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

ヘテロ接合性Indel検出の例。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

ヘテロ接合性Indel検出の例。各アレル波形が重なっているためヘテロ接合Indelイベント検出位置以降ではアライメント不能になります。従ってアライメントが良好である範囲を示すComparison Region(図中の青い縦線で挟まれた領域。ライトブルーでマークした範囲)は必ずヘテロ接合挿入・欠失の位置で止まります。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

Het Indel Detectionツール(図をクリックすると拡大します)

様々なレポート出力

​グラフィカルレポート/スタンダードレポート/カスタムレポート

Mutation SurveyorにはMutationプロジェクトの情報詳細を表す様々なグラフィカルベースやテキストベースのレポートやカスタマイズ可能なレポートがあります。これらのレポートは全て、GADの一部または全ての情報についてレポート形式で出力します。表示します。また、メインメニューのDisplayメニューから使用できます。これらのレポートは全て、Mutationプロジェクトデータについての重要な情報を表すのにカラフルな凡例を使用しています。これらのレポートはプリントアウトやPDF、Excel、テキスト、画像形式で保存が可能です。

 
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

グラフィカルレポート。上から順にプロジェクトレビュワレポート、グラフィックディスプレイレポート、クリニカルレポート(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

スタンダードレポート(HGVSレポート)(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9
Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

カスタムレポート(左からFilter設定タブ、Format設定タブ、Nomenclature設定タブ)

(図をクリックすると拡大します)

 

ベースパッチ機能によるシーケンスエラー補正

ベースパッチはMutation Surveyor 独自の機能です。ベースパッチ機能によりベースライン

ノイズを減じたり、ピークをシャープにしたり、シーケンストレースのモビリティシフトに

おける問題を補正したりすることが可能です。

ベースパッチ機能使用時(右)とベースパッチ機能不使用時(左)の2つの解析結果

(ベースパッチ機能以外のパラメーターはすべて同一の設定)

ベースパッチ機能を使用している右図はMutation Electropherogram(最下段)のノイズがベースパッチ機能を使用していない左図より少なく、ベースパッチ機能を使用している右の方がレーンクオリティスコアとPhred-likeスコアも大きくなっています.ベースパッチ機能はトレースクオリティを全体的に向上させ、より良いアライメントとミューテーション検出を行えます.

 

バリアントナレッジベースとユーザーマネジメントシステム

​バリアントナレッジベース

Mutation Surveyor version 5.0から第二世代DNAシーケンサーデータ統合解析ソフトウェアNextGENe(ネクストジーン)と共通に使用できるバリアントナレッジデータベースを搭載しました。このデータベースにより、dbSNPやdbNSFP、COSMICなどバリアントデータベース由来情報による検索や、擬陽性やアーチファクトなど手動で削除したバリアントをカスタムナレッジベースへ登録することができるようになりました。Mutation Surveyorによるバリデーション結果をNextGENeで使用できます。バリアントデータベース対応ファイル形式

※Reference & Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。またdbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。

​ユーザーマネジメントシステムとオーディットトレイル

ユーザーマネージメントシステムでは、管理者によるユーザーパスワード設定や各アクセス権設定が可能です。各ユーザーのアクセス権は管理者によってのみ決定され、権限のないユーザーが不慮にプロジェクトを変更したり、設定済みの解析パラメーターを変えてしまったりすることを防げます。ユーザーマネージメントシステムの搭載により、研究室内の多くの人がソフトウェアを使用することにより生じる不具合や混乱が解消され、快適かつ効率的な解析が可能になります。また解析プロジェクトのバリアントコール編集などの履歴がユーザーとともに記録されます。

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

ユーザーマネジメントシステム設定。ユーザーをグループに分け、グループごとに機能へのアクセス権設定が行えます。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合 バリアント CRISPR Cas9

Edit History。プロジェクト内のバリアント編集等の記録がユーザー名や日時とともに記録され、編集前後の値を確認できます。(図をクリックすると拡大します)

 

データの自動バッチ処理

Mutation Surveyor の自動解析ツールは、さまざまなシーケンスプロジェクトのバッチ処理が可能です。この機能により所定の時間間隔で多くの解析を無人で実行できます。

ジョブファイルは、プロジェクト設定やサンプルトレースファイル、リファレンストレースファイルの指定、解析レポート設定などが可能です。

 

​ミトコンドリアDNA解析

Mutation SurveyorソフトウェアはミトコンドリアDNA解析にも対応しています。ミトコンドリアDNAのGenBankファイルをロードすると、GenBankファイルのタグを認識し自動的にミトコンドリアDNAの遺伝コードを採用。環状ゲノムの開始点/終始点を自動的に認識して、正確にアノテーションを行います。ユーザーが手動で修正する必要はありません.

Mutation Surveyor, CRISPR-Cas9, ゲノム編集, ヘテロ接合
 

​DNAメチレーション解析

Mutation Surveyorは、バイサルファイト処理シーケンスのDNAメチル化解析にも対応しています。目的範囲をカバーするGenBank塩基配列をSEQ File Editorツールによりリファレンス用配列へと変換後、変換した塩基配列を元にリファレンス波形ファイルを自動合成します。この合成リファレンス波形ファイルとサンプル波形ファイルをアンチコリレーションテクノロジーによって比較しメチル化サイトを検出します。

検出結果は表形式のMethylation レポートとグラフィカルなMethylation Graphical Displayで出力可能です。

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カスタムレポート(フォーマット設定)