Mutation Surveyorは、バイサルファイト処理シーケンスのDNAメチル化解析にも対応しています。目的範囲をカバーするGenBank塩基配列をSEQ File Editorツールによりリファレンス用配列へと変換後、変換した塩基配列を元にリファレンス波形ファイルを自動合成します。この合成リファレンス波形ファイルとサンプル波形ファイルをアンチコリレーションテクノロジーによって比較しメチル化サイトを検出します。

検出結果は表形式のMethylation レポートとグラフィカルなMethylation Graphical Displayで出力可能です。