Mutation Surveyor ソフトウェアにはユーザーマネジメントシステムが搭載されており、解析プロジェクトへのアクセス権をコントロールしたり、Mutationの編集オーディットトレイルへユーザー情報を付与したりすることができます。各ユーザーのアクセス権はアドミニストレーターによって決定され、権限の無い人間が誤ってプロジェクトを変更したり研究室で決めた解析パラメーターを変えたりすることを防ぎます。また最終レポートのヘッダにユーザーIDを含めたり、Mutationの変更やバリアントの削除、バリアントの追加など解析への変更を制限したり追跡したりすることも可能です。