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日本語簡易マニュアル（NextGENe）

日本語簡易マニュアル（NextGENe Viewer）

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マニュアル(ENG)

上の画像をクリックすると、SoftGenetics社の製品ページへリンクします．

第二世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア NextGENe

NextGENe（ネクストジーン）はIon Torrent Proton、Roche FLX、Applied BioSystems SOLiD やllumina など各プラットフォームのハイスループットシステムや、ION PGM、Roche Junior、Illumina MiSeqから出力されるシーケンスデータのデスクトップ解析用ソフトウェアです。ユニークなストラテジーを採用しており、FASTQファイル形式のリードデータをバーコードソーティングツールやシーケンスオペレーションツールで前処理後、ファイル形式変換ツールでFASTAファイル形式に変換してからリファレンスへのリードマッピングやアセンブリを行います。FASTAのほかBAMファイルにも対応しており、第二世代シーケンサーから出力される膨大なデータをWindowsマシンで解析できます。バイオロジストにも使いやすいポイント&クリックインターフェースでのNGSデータ解析を可能にします。

マッピングおよびVariant検出のパフォーマンス例（リード前処理、ファイル形式変換後）

NextGENeはNextGENe本体とNextGENe Viewerから構成されています。リシーケンス解析におけるリードファイルのリファレンスゲノムへのマッピングやバリアント検出はNextGENe本体で行います。シンプルなWizard形式で各種設定を行え、解析結果は独自のプロジェクトファイル形式で出力されます。プロジェクトファイルはNextGENe Viewerで展開し、データのアライメント詳細のレビューやバリアントのサンプル間比較やコピー数多型解析などが行えます。またリードファイルからの配列トリミング、低クオリティリードやPCR Duplicateの除去、バーコード配列を用いたソーティングなどリードファイルの前処理は、NextGENe本体の各ツールを用いてリファレンスマッピング前に行います。

ライセンス：年間ライセンス

価格：詳しくはこちら

（​※短期ライセンスも相談承ります。ご相談ください。）

NextGENeソフトウェアは独自のプラットフォームを使用しており、様々なアプリケーション対応の解析モジュールを搭載しています。（以下はSoftGenetics社該当ページへリンクします。）

• SNP/INDEL Analysis

• Copy Number Variation (CNV) Analysis

  • CNV Tool

  • Batch CNV Tool for NGS MLPA® Analysis

  • Sensitive Aneuploidy Detection (SAD™) Tool

• Somatic Mutation Analysis from Whole Exome Sequencing Data

• HLA Analysis

• Prediction and Rare Disease Discovery

• Whole Genome Alignment

• Annotated Reference Genomes

• Transcriptome/RNA-SEQ: Expression and Alternative Splicing Analysis

• miRNA, Chip-Seq, Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) & Digital Gene Expression (DGE) Analysis

• de novo assembly

• Targeted Re-Sequencing

• Human Identity (Forensic) Analysis

• SNP & INDEL discovery with Ion Torrent PGM & Proton data

• Automation Analysis & Reporting Pipeline

• Automated, Custom reporting of Analysis and QC of NGS sequencing

• Trio and Multi-Sample Variant Comparison

• Annotation Tracks

• ThunderBolts Panel Analysis

• NIST Genome Analysis

NextGENe Project Wizard:

Wizardに従ってリファレンスやリードファイルの指定、アライメント設定やMutation検出設定等各種設定を行えます。​使用できる設定オプションは選択したアプリケーションタイプにより変わります。

アプリケーションタイプ

Project Wizardでは選択したアプリケーションタイプにより、使用できる設定オプションやリファンレスタイプが変わります。STR​（マイクロサテライト）解析やHLA解析ではカスタムリファレンスFASTAファイルが必要です。

• de Novo Assembly

• SNV/Indel descovery

• Transcriptome with Alternativev splicing

• ChIP-Seq

• SAGE

• STR analysis

• CNV-Seq

• HLA

• Other

• Mitchondrial amplicon

リファレンス＆トラックマネージャー（NextGENe）

リファレンスゲノムが250Mbpより大きい場合、SoftGenetics社から提供されるアノテーション付きプレロードリファレンスかカスタムプレロードリファレンスが必要です。より小さいリファレンスではGenBankファイルを使用できます。

本ツールはSoftGenetics社製Mutation Surveyor（ミューテーションサーベイヤー）でも使用します。

Sequence Operationツール（NextGENe）

​ベースクオリティや塩基配列情報によるリードフィルタリングやトリミング、塩基配列やUMI（Unique Molecular Identifier）を用いたPCR Duplicate除去の他、リードファイル（FASTQ、FASTAファイル）の分割や統合、サブサンプリングなどが行えます。

• PCR Duplicate除去（日本語PDF資料）

• サブサンプリング（日本語PDF資料）

Sequence Condensationツール（NextGENe）

​Condensation ツールでは、 カバレッジ深度を使った同一リードの統合やリード数を保持 したままベースコールエラーを含むシーケンスリードの補正、リード の伸長を行えます。反復配列を含む過剰なカバレッジを除去したり、リードアセンブリの速度や正確性、RAM消費量が改善されます。

• ​Sequence Condensationツール（日本語PDF資料）

その他ツール（NextGENe）

​バーコードソーティング、GC含量計算、ペアエンドリードの統合、リファレンスFASTAファイルから指定したエラー率でIndelなどのバリアントを含む合成データセットの生成、ファイル形式変換など様々なツールがNextGENe本体に搭載されています。

• バーコードソーティング（日本語PDF資料）

• ペアエンドリードの統合（日本語PDF資料）

• ​バリアントを含む合成データセットの生成（日本語PDF資料）

NextGENe Viewer:

Run Wizardの結果を展開し、データレビューおよびサンプル間比較解析などを行えます。マウス操作で拡大縮小表示や左右のスクロールが可能など、SoftGenetics社製ソフトウェア共通の直感的で使いやすいUIです。

​プロジェクトのSAM・BAMファイル形式でのエクスポートや、Mutationレポートの各レポート形式での出力、Variant編集のオーディットトレイルなどシーケンス解析に必要な多くの機能を搭載しています。

Comparisonツール​（NextGENE Viewer）

以下のComparisonツールを搭載しています。

• Expression Comparison

• Variant Comaprison

• Somatic Mutation Comparison

• CNVツール

• ​Batch CNVツール

Variant Comaprisonツールでは同じリファレンスにアライメントした複数プロジェクトのVariant Callを比較できます。Tumor/Normal比較の場合は2プロジェクトの比較を行い、Gain in heterozygosity Variant、Gain in heterozygosity Variant、Absolute change Variantのトップ100をレポートに返します。複数プロジェクト比較では最大20プロジェクトを比較し、全プロジェクトで共通するVariantやカバレッジ条件を満たしたVariant、Variantタイプやロケーションに関わらず複数のプロジェクトで同じ遺伝子上にVariantをもつ遺伝子Variantなど、指定したクライテリアを満たすVariant Callを表示します。

CNVグラフ​（NextGENE Viewer）

左図中央：バッチCNVグラフ

下図左：CNVグラフ（Dispersion and HMM法）

​下図右：CNVグラフ（SNP-Based Normalization with Smoothing法）

画像をクリックすると拡大します。

Sensitive Aneuploidy Detection (SAD™) ツール

低カバレッジの全ゲノムシーケンスデータセットから高感度に異数性検出を行うツールです。FASTQファイルおよびBAMファイルに対応しており、自動的にアライメント、リードカウント、GC補正を行います。解析結果は染色体ごとに判定されます。

画像をクリックすると拡大します。

STR（マイクロサテライト）解析

アプリケーションタイプとしてSTR（マイクロサテライト）解析を選択すると、独自のアライメント設定と、独自のレポート（ローカスレポート・アレルレポート）やグラフ（STRリードヒストグラム）が生成されます。ローカスごとの各アレル配列を記載したカスタムリファレンスFASTAファイルが必要です。リファレンスアレル配列と完全に一致した場合は赤もしくは青のヒストグラム、SNVを含んで一致した場合はライトレッドやライトブルーのヒストグラムが表示されます。

ミトコンドリアDNAアンプリコン解析

アプリケーションタイプとしてMitochondrial Amplicon解析を選択すると、アンプリコンレポート・アレルレポートが生成されます。アンプリコンレポートには各アンプリコン領域で同定されたアレル数やそのカバレッジなどのアンプリコン情報が、アレルレポートにはアンプリコンレポートで同定された各アレル配列の情報が表示されます。

NextGENe AutoRunツール​（NextGENe）

​NextGENeはAutoRunツールを使った完全なバッチ処理が可能です。各ジョブに別々のリファレンスやサンプルデータ、解析設定を選択して、複数プロジェクトのバッチ処理が可能です。RainDance ThunderBolts Cancer PanelやNEBNext Direct BRCA1 and BRCA2の設定済みテンプレートが搭載されています。

動作環境

PC
OS：Windows® 64 bit OS: Vista、7、8、10およびServer 2008 R2、2012
CPU：4 cores
動作メモリ：12GB
必要HDD容量： 2TB

Intel® Powered Macintosh Computer
OS: 10.4.6, with Parallels desktop for MAC or Apple Boot Camp
Windows® 64 bit OS
CPU：4 cores
動作メモリ：12GB

注意：De Novoアセンブリや全ゲノム解析などいくつかのアプリケーションでは、データサイズに応じて上記以上の動作メモリが必要になります。事前にご相談ください。

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※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください。

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