NextGENe Project Wizard:

Wizardに従ってリファレンスやリードファイルの指定、アライメント設定やMutation検出設定等各種設定を行えます。​使用できる設定オプションは選択したアプリケーションタイプにより変わります。

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リファレンスアライメント:

リシーケンス解析では、小さなリファレンスゲノム（250Mbp以下）の場合はFASTA形式かGenBank形式のファイルをリファレンスファイルとして使用します。この場合、リファレンスへのアライメントアルゴリズムはBLAT（BLAST-Like Alignment Tool）に似たアルゴリズムが使用されます。

大きなリファレンスゲノム（250Mbp以上）の場合はSoftGenetics社が提供するプレロードリファレンスを使用します。NextGENe Build Preloaded Referenceツールを使ってカスタムプレロードリファレンスを構築することも可能です。この場合、リファレンスへのアライメントアルゴリズムにはBurrows-Wheeler Transform (BWT)に代表されるSuffix Arrayを使ったPreloaded Index Alignmentアルゴリズムが使用されます。