SeqStudio ジェネティックアナライザ
 

バイオアップロード合同会社は栃木県足利市に所在する専門輸入商社です。正規輸入代理店として、Mutation Surveyorソフトウェアを始めとする米国SoftGenetics社が開発した全てのデータ解析ソフトウェアをSoftGenetics社から直接輸入し日本で販売しています。シーケンシングプラットフォームから完全に独立した唯一の代理店ですので、ソフトウェアの運用のみを考慮した最適なプログラムやライセンスをご提案しています。よくあるご質問

サンガーシーケンスバリアント解析ソフトウェア
Mutation Surveyor

Mutation Surveyor

Mutation Surveyor ソフトウェアは、ダイレクトシーケンス、PCRシーケンス、ミトコンドリアDNAシーケンス、リシーケンスプロジェクトにおけるSNPsIndels体細胞バリアントなどバリアント解析に特化したサンガーシーケンスバリアント解析ソフトウェアパッケージです。特許技術であるシーケンス波形同士を直接比較・評価する「アンチ-コリレーションテクノロジー」(米国特許 8,086,410)により、サンプルシーケンス波形データとリファレンスシーケンス波形データの「波形同士」を直接比較し、最大99.5%の正確性とプライマリピークの15%の感度でバリアントコールを実行します。ベースコールに表れないセカンドピークも評価し自動的にバリアントコールします。またオプションを選択することにより、プライマリピークの5%の感度で潜在的なマイナーバリアントポジションを検索することも可能です。Applied Biosystemsジェネティックアナライザーなど主要なキャピラリーシーケンサーから出力されるABI/AB1ファイル(.abi/.ab1)、SCFファイル(.scf)などのファイル形式に対応しています。優れた正確性と感度、擬陽性の低さで、最大2,000シーケンスファイルを15分で解析することが可能です。完全GUI(グラフィカルユーザーインターフェース)なのでプログラミングは一切必要ありません。

※ぜひご自分のデータでお試しください【35日間フリートライアルの申し込みはこちら

 (対応データ:.abi/.ab1/.scf(リファレンス・サンプル)/ .gbk(リファレンス塩基配列))

Mutation Surveyor各機能ページへのリンク

 

【動画(47秒)】データのロードとアンチコリレーションテクノロジーによるバリアントコール

 

【動画(76秒)​ヘテロ接合InDel検出とHet Indel Detectionツール

「アンチコリレーションテクノロジー」によるシーケンス波形の直接比較

Mutation Surveyorは独自技術の「アンチ・コリレーションテクノロジー」により、サンプルシーケンス波形データとリファレンス波形データの各波形を直接比較してバリアント検出を行います。比較の結果見出されたリファレンスーサンプル間の差異はMutation Surveyorソフトウェア独自のエレクトロフェログラム「Mutationトレース(エレクトロフェログラム)」(下図中、上から3段目と4段目)にトレースされます。

リファレンスの塩基トレースとの差異はMutationピークとしてMutationトレースにトレースされ、各パラメータを満たしたMutationピークのみが塩基置換としてバリアントコールされます。またリファレンスへのアライメント前後におけるピークの移動度を示すMobility LineがIndelコールに利用されます。

 
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Mutation Surveyorメイン解析画面(画像をクリックすると拡大します。)

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プロジェクトレビュワーレポートのTraceペイン(サンプルトレースのみ表示)(画像をクリックすると拡大します。)

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図1:「アンチコリレーションテクノロジー」によるバリアントコール。サンプルシーケンストレースとリファレンストレースの「波形同士」を直接比較して見出された差異は、Mutationトレースにトレースされます。ベースコールに反映されないセカンドピークも自動的にバリアントコールされレポーティングされます。

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図2:塩基置換の検出。リファレンスの塩基トレースとの差異は「Mutationピーク」としてMutationトレースにトレースされ、リファレンスピークとサンプルピークの重なり度合いを表すOverlapping Factorや野生型塩基ピークの相対的落差を表すDropping Factoerなど各解析パラメータを満たしたMutationピークが塩基置換としてバリアントコールされます。

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図3:塩基挿入・欠失の検出。リファレンスへのアライメト前後におけるピークの移動度がMobility Lineに示され、Indelコールに利用されます。図では三塩基欠失の検出。

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検出例:ホモ接合性一塩基置換(画像をクリックすると拡大します。)

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検出例:ヘテロ接合性一塩基置換(画像をクリックすると拡大します。)

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検出例:ホモ接合性挿入(画像をクリックすると拡大します。)

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検出例:ホモ接合性欠失(画像をクリックすると拡大します。)

シーケンス波形データからヘテロ接合Indelを自動検出

Indelを含むアレル波形のずれにより2つの波形が重なったシーケンス波形データから、一方のアレルのみに含まれるIndelを自動的に検出します。サンプルシーケンス波形データをリファレンス波形にアライメントし、サンプルシーケンス波形データをリファレンスにマッチする波形(野生型アレル波形)とマッチしない波形(変異型アレル波形)に分離します。分離された変異アレル波形をリファレンス波形へ再アライメントして、挿入・欠失の位置を決定します。(「ヘテロ接合Indel検出原理」参照)

​検出されたヘテロ接合性IndelはMutationテーブルやMutationレポートにレポートされます。MutationテーブルやMutationレポート内のバリアントコールをダブルクリックするとHet Indel Detectionツールが開き、各プロセスの波形を確認できます。⇒動画で見る

 
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検出例:ヘテロ接合性挿入・欠失(画像をクリックすると拡大します。)

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図:Het Indel Detectionツール。メイン解析画面の3つのトレース(リファレンス/サンプル/Mutationトレース)のほか、サンプルトレースから分離された2つのアレル波形と再アライメントされた波形を閲覧できます。(画像をクリックすると拡大します。)

  C:サンプルトレースから分離された波形①(リファレンスに一致)

  D:サンプルトレースから分離された波形②(BからCを差し引いた残り)

​  D':リファレンスに再アライメントした波形D

  A:リファレンストレース

  B:サンプルトレース

​  E:Mutationトレース

ヘテロ接合Indelの検出原理

​以下はHet Indel Detectionツールの各エレクトロフェログラムを分解して、Mutation Surveyorによるヘテロ接合Indel検出の各プロセスを説明したものです。各エレクトロフェログラムに割り当てられているアルファベットは上図のHet Indel Detectionツールのアルファベットに対応しています。

 

​サンプルトレースBをリファレンストレースAへアライメントします。

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サンプルトレースBから、リファレンスと一致する波形Cと残りの波形Dとに分離します。

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C:サンプルトレースのうち、リファレンスと一致した波形

D:サンプルトレースのうち、リファレンスと一致した波形Cを差し引いた残りの波形

波形Dをリファレンストレースに再アライメントします。以降のバリアント検出プロセスはホモ接合Indel検出と同じ原理です。

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D':リファレンストレースに再アライメントした波形D

低存在率バリアントの可能性のあるポジションを検出

特許技術である「アンチコリレーション」テクノロジーは、サンガーシーケンストレース中の体細胞バリアントやヘテロプラスミー、モザイク現象に関連する低存在率バリアントの可能性のあるポジションを検出できます。モードを変更することで低存在率バリアントの可能性のある5%~の微小ピークを​検出します。本機能にはフォワード・リバースでそれぞれPhredスコア20以上が必要です。

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赤い矢印で指し示された微小なピークを検出しています(上図)。検出されたポジションはメイン画面のMutationテーブルには出力されず、Mutationトレース上端の横に長いグリーンの長方形で示されます。カスタムレポートを使用すると低存在率バリアント候補ポジションをレポートできます(下図)。カスタムレポートは別ウインドウで開きますがメイン画面とリンクしており、カスタムレポートの低存在率バリアントポジションをダブルクリックすると、メイン画面に対応するポジションのエレクトロフェログラムが表示され確認できます。(画像をクリックすると拡大します。)

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入力ファイル形式

 

Mutation Surveyorプロジェクトには最大3種類のファイル(サンプルトレースファイル、リファレンストレースファイル、GenBankファイル)を入力できます。

<GenBankファイル>・・・GBK、GB、SEQファイル形式に対応(オプション)

リファレンスのトレースデータが無い場合は、GenBankファイル内の塩基配列を元にサンプルトレースデータに対応した合成リファレンストレースが自動生成されます。その他、GenBankファイル内の座標情報やアノテーションなどがバリアント表記やMutationトレースの表示に使用されます。

<リファレンストレースファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応

リファレンストレースファイルはサンプルトレースファイルを比較したい既知の塩基配列を含むファイルです。リファレンスファイルはMutation Surveyor プロジェクトに常に必要ですが、GenBankファイルから生成することも可能です。

<サンプルトレースファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応

サンプルトレースファイルとはユーザーが決定したい未知の塩基配列を含むファイルです。

Mutation Surveyor, ヘテロ接合

GenBankファイルとリファレンストレースファイル、サンプルトレースファイルを全てロードした場合、GenBankファイル内の塩基配列と各トレースファイルのベースコールがアライメントされ、GenBank内で定義されている遺伝子の情報がMutationトレース等に反映されます(上図で緑の矢印で示された情報等)。リファレンストレースファイルをロードしていない場合は、GenBank内の塩基配列とサンプルトレースファイルの情報を元に、Mutation Surveyorが解析に必要なリファレンストレースを自動的に生成します。

様々なレポート出力

​グラフィカルレポート/スタンダードレポート/カスタムレポート

Mutation SurveyorにはMutationプロジェクトの情報詳細を表す様々なグラフィカルベースやテキストベースのレポートやカスタマイズ可能なレポートがあります。これらのレポートは全て、GADの一部または全ての情報についてレポート形式で出力します。また、メインメニューのDisplayメニューから使用できます。これらのレポートは全て、Mutationプロジェクトデータについての重要な情報を表すのにカラフルな凡例を使用しています。これらのレポートはプリントアウトやPDF、Excel、テキスト、画像形式で保存が可能です。

 
Mutation Surveyor, ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合

グラフィカルレポート。上から順にプロジェクトレビュワレポート、グラフィックディスプレイレポート、クリニカルレポート(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
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カスタムレポート(左からFilter設定タブ、Format設定タブ、Nomenclature設定タブ)

(図をクリックすると拡大します) 日本語詳細ページへ移動

 

ベースパッチ機能によるシーケンスエラー補正

ベースパッチはMutation Surveyor 独自の機能です。この機能によりベースラインノイズを減じたりピークをシャープにしたりすることが可能です。またシーケンストレースのモビリティシフトにおける問題を補正します。

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ベースパッチ機能使用時(右)とベースパッチ機能不使用時(左)の2つの解析結果

(ベースパッチ機能以外のパラメーターはすべて同一の設定)

ベースパッチ機能を使用している右図はMutation Electropherogram(最下段)のノイズがベースパッチ機能を使用していない左図より少なく、ベースパッチ機能を使用している右の方がレーンクオリティスコアとPhred-likeスコアも大きくなっています.ベースパッチ機能はトレースクオリティを全体的に向上させ、より良いアライメントとミューテーション検出を行えます.

バリアントナレッジベースとユーザーマネジメントシステム

​バリアントナレッジベース

version 5.0から第二世代DNAシーケンサーデータ統合解析ソフトウェアNextGENe(ネクストジーン)でも使用できるバリアントナレッジデータベースを搭載しました。このデータベースにより、dbSNPやdbNSFP、COSMICなどバリアントデータベース由来情報のバリアントコールへのアノテーションや、擬陽性やアーチファクトなど手動で削除したバリアントコールをカスタムナレッジベースへ登録することができるようになりました。日本語詳細ページへ

※Reference & Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。またdbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。

 
 
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​ユーザーマネジメントシステムとオーディットトレイル

ユーザーマネージメントシステムでは、管理者によるユーザーパスワード設定や各アクセス権設定が可能です。各ユーザーのアクセス権は管理者によってのみ決定され、権限のないユーザーが誤ってプロジェクトを変更したり、設定済みの解析パラメーターを変えてしまったりすることを防げます。ユーザーマネージメントシステムの搭載により、研究室内の多くの人がソフトウェアを使用することにより生じる混乱が解消され、快適かつ効率的な解析が可能になります。また解析プロジェクトのバリアントコール編集などの履歴がユーザーとともに記録されます。(日本語詳細ページへ ユーザーマネジメント オーディットトレイル

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ユーザーマネジメントシステム設定。ユーザーをグループに分け、グループごとに機能へのアクセス権設定が行えます。(図をクリックすると拡大します)

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Edit History。プロジェクト内のバリアント編集等の記録がユーザー名や日時とともに記録され、編集前後の値を確認できます。(図をクリックすると拡大します)

 

データの自動バッチ処理

Mutation Surveyor の自動解析ツールは、さまざまなシーケンスプロジェクトのバッチ処理が可能です。この機能により所定の時間間隔で多くの解析を無人で実行できます。

ジョブファイルは、プロジェクト設定やサンプルトレースファイルおよびリファレンストレースファイルの指定、解析レポート設定などが可能です。(日本語詳細ページへ

Mutation Surveyor ヘテロ接合
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​ミトコンドリアDNA解析

Mutation SurveyorソフトウェアはミトコンドリアDNA解析にも対応しています。リファレンスとしてミトコンドリアDNAのGenBankファイルをロードすると、GenBankファイルのタグを認識し自動的にミトコンドリアDNAの遺伝コードを採用。環状DNAの開始点/終始点を自動的に認識して正確にアノテーションを行います。ユーザーが手動で修正する必要はありません。(日本語詳細ページへ

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​DNAメチレーション解析

Mutation Surveyorは、バイサルファイト処理シーケンスのDNAメチル化解析にも対応しています。目的範囲をカバーするGenBank塩基配列をMutation Surveyorソフトウェアに搭載されているSEQ File Editorツールによりリファレンス用配列へと変換後、変換した塩基配列を元に合成した合成リファレンス波形ファイルと解析するサンプルシーケンス波形ファイルをアンチコリレーションテクノロジーによって比較しメチル化サイトを検出します。

検出結果は表形式のMethylation レポートとグラフィカルなMethylation Graphical Displayで出力可能です。

Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
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動作環境

PC
OS: Windows®   32または64 bit OS / Vista, 7, 8 , 10

CPU:シングルコア以上
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

※Reference & Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。またdbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。

ライセンス

スタンドアロンプログラム

ドングルライセンスまたはテキストライセンス※2、3

ネットワークプログラム

テキストライセンス※2

※1 スタンドアロン・ネットワークプログラムとも2年目以降も同じバージョンのまま使用できますが、バージョンアップには別途有償のアップグレード・テクニカルサポート契約が必要です。

※2 テキストライセンスはPC固定ライセンスです。

※3 スタンドアロンプログラムはライセンスによらず同じ価格です。

 

価格・納期等

ドングル(MS).png
Mutation Surveyor シーケンス ヘテロ
Mutation Surveyor シーケンス ヘテロ

​​​ドングルキー

(スタンドアロンプログラム)

​​​日本語マニュアル

※日本語マニュアルは正規商品の内容には含まれず、バイオアップロード合同会社独自の無料サービスとして、商品を使用する目的のみに使用することを条件に商品を購入した方へ差し上げております。

 

カタログおよびユーザーマニュアル

日本語カタログ

ユーザーマニュアル

※日本語の資料をご要望の方はその旨ご連絡ください。

Brochure (English)

​Reference&Track Manager 

ユーザーマニュアル

(Mutation Surveyor ver.5.1.0以降)

​アプリケーションノーApplication note

  • バリアントナレッジベース Variant Knowledge Base (PDF) 

  • ヘテロINDEL検出​ Hetero INDEL Detection (PDF) 

  • 体細胞変異検出 Somatic Mutation Detection (PDF)

  • 変異定量機能 Mutation Quantification (PDF)

  • DNAメチレーション解析 Methylation Analysis (PDF

  • 高頻度可変領域変異検出 Hypervariable Region Variant Detection (PDF)

  • ミトコンドリアDNA解析 Mitochondrial DNA Sequence Analysis (PDF

  • ユーザーマネジメントシステム User Management & Audit Trail  (PDF)

 

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各種問い合わせ

※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください。

記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です。

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