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バイオアップロード合同会社は栃木県足利市に所在する専門輸入商社です。シーケンシングプラットフォームから独立した唯一の正規代理店として、Mutation Surveyorソフトウェアを始めとする米国SoftGenetics社が開発した全てのデータ解析ソフトウェアと全ライセンスをSoftGenetics社から直接輸入し日本で販売しています。

サンガーシーケンス変異解析ソフトウェア
Mutation Surveyor

Mutation Surveyor ソフトウェアは、ダイレクトシーケンス、PCRシーケンス、ミトコンドリアDNAシーケンス、リシーケンスプロジェクトにおけるSNPsIndels体細胞バリアントなど変異解析に特化したサンガーシーケンス変異解析ソフトウェアパッケージです。特許技術(米国特許 8,086,410)である波形同士を比較しその差異を検出する「アンチ-コリレーションテクノロジー」により、サンプルシーケンス波形データをリファレンスシーケンス波形データと比較し、最大99.5%の正確性とプライマリピークの15%の感度でバリアント検出を実行します。またオプションを選択することにより、プライマリピークの5%の感度で潜在的なマイナーバリアントポジションを検索できます。Applied BiosystemsジェネティックアナライザーやPromega Spectrum Compact CEシステムなど主要なキャピラリーシーケンサーから出力されるABI/AB1ファイル(.abi/.ab1)、SCFファイル(.scf)などのファイル形式に対応しています。優れた正確性、感度、低擬陽性で、最大2,000シーケンスファイルを15分で解析することが可能です。完全GUI(グラフィカルユーザーインターフェース)なのでプログラミングは一切必要ありません。

※ぜひご自分のデータでお試しください【35日間フリートライアルの申し込みはこちら

 (対応データ:.abi/.ab1/.scf(リファレンス・サンプル)/ .gbk(リファレンス塩基配列))

Mutation Surveyor各機能ページへのリンク

 

【動画(47秒)】データのロードとアンチコリレーションテクノロジーによるバリアントコール

 

【動画(1分16秒)​ヘテロ接合InDel検出とHet Indel Detectionツール

「アンチコリレーションテクノロジー」による波形の直接比較

Mutation Surveyorは独自技術の「アンチ・コリレーションテクノロジー」により、サンプルシーケンス波形データとリファレンス波形データの各波形を直接比較してバリアント検出を行います。比較の結果見出されたリファレンスーサンプル間の差異はMutationトレースにトレースされます。

リファレンスの塩基トレースとの差異はMutationピークとしてMutationトレースにトレースされ、各パラメータを満たしたMutationピークのみが塩基置換としてバリアントコールされます。またリファレンスへのアライメント前後におけるピークの移動度を示すMobility LineがIndelコールに利用されます。

 
Mutation Surveyor

Mutation Surveyorメイン解析画面(画像をクリックすると拡大します。)

Mutation Surveyor

プロジェクトレビュワーレポートのTraceペイン(サンプルトレースのみ表示)(画像をクリックすると拡大します。)

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図1:「アンチコリレーションテクノロジー」によるバリアントコール。サンプルシーケンストレースとリファレンストレースの「波形同士」を直接比較して見出された差異は、Mutationトレースにトレースされます。

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図2:塩基置換の検出。リファレンスの塩基トレースとの差異は「Mutationピーク」としてMutationトレースにトレースされ、各パラメータを満たしたMutationピークが塩基置換としてバリアントコールされます。

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図3:塩基挿入・欠失の検出。リファレンスへのアライメト前後におけるピークの移動度がMobility Lineに示され、Indelコールに利用されます。図では三塩基欠失の検出。

Mutation Surveyor

検出例:ホモ接合性一塩基置換(画像をクリックすると拡大します。)

Mutation Surveyor

検出例:ヘテロ接合性一塩基置換(画像をクリックすると拡大します。)

Mutation Surveyor

検出例:ホモ接合性挿入(画像をクリックすると拡大します。)

Mutation Surveyor

検出例:ホモ接合性欠失(画像をクリックすると拡大します。)

シーケンス波形データからヘテロ接合Indelを自動検出

Indelを含むアレル波形のずれにより2つの波形が重なったシーケンス波形データから、一方のアレルのみに含まれるIndelを自動的に検出します。サンプルシーケンス波形データをリファレンス波形にアライメントし、サンプルシーケンス波形データをリファレンスにマッチする波形(野生型アレル波形)とマッチしない波形(変異型アレル波形)に分離します。分離された変異アレル波形をリファレンス波形へ再アライメントして、挿入・欠失の位置を決定します。(「ヘテロ接合Indel検出原理」参照)

​検出されたヘテロ接合性IndelはMutationテーブルやMutationレポートにレポートされます。MutationテーブルやMutationレポート内のバリアントコールをダブルクリックするとHet Indel Detectionツールが開き、各プロセスの波形を確認できます。⇒動画で見る

 

検出例:ヘテロ接合性挿入・欠失(画像をクリックすると拡大します。)

Mutation Surveyor

図:Het Indel Detectionツール。メイン解析画面の3つのトレース(リファレンス/サンプル/Mutationトレース)のほか、サンプルトレースから分離された2つのアレル波形と再アライメントされた波形を閲覧できます。(画像をクリックすると拡大します。)

  C:サンプルトレースから分離された波形①(リファレンスに一致)

  D:サンプルトレースから分離された波形②(BからCを差し引いた残り)

​  D':リファレンスに再アライメントした波形D

  A:リファレンストレース

  B:サンプルトレース

​  E:Mutationトレース

ヘテロ接合Indelの検出原理

​以下はHet Indel Detectionツールの各エレクトロフェログラムを分解して、Mutation Surveyorによるヘテロ接合Indel検出の各プロセスを説明したものです。各エレクトロフェログラムに割り当てられているアルファベットは上図のHet Indel Detectionツールのアルファベットに対応しています。

 

​サンプルトレースBをリファレンストレースAへアライメントします。

Mutation Surveyor

サンプルトレースBから、リファレンスと一致する波形Cと残りの波形Dとに分離します。

Mutation Surveyor

C:サンプルトレースのうち、リファレンスと一致した波形

D:サンプルトレースのうち、リファレンスと一致した波形Cを差し引いた残りの波形

波形Dをリファレンストレースに再アライメントします。以降のバリアント検出プロセスはホモ接合Indel検出と同じ原理です。

Mutation Surveyor

D':リファレンストレースに再アライメントした波形D

 

プロジェクトセットアップ

プロジェクトファイルタイプ

Mutation Surveyorプロジェクトには最大3種類のファイル(サンプルファイル、リファレンスファイル、GenBankファイル)を入力できます。各ファイルはそれぞれ異なる目的を果たし、それぞれ独自の要件があります。

<GenBankファイル>・・・GBK、GB、SEQファイル形式に対応(オプション)

リファレンスのトレースデータが無い場合は、GenBankファイルの塩基配列を元にサンプルトレースデータに対応した合成リファレンスファイルを自動作成します。その他、GenBankファイル内の座標情報やアノテーションなどがバリアント表記やMutationトレースの表示に使用されます。

<リファレンスファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応

リファレンスファイルはサンプルファイルを比較したい既知の塩基配列を含むファイルです。リファレンスファイルはMutation Surveyor プロジェクトに常に必要ですが、GenBankファイルから合成することも可能です。

<サンプルファイル>・・・SCFファイル、AB1/ABIファイル、Gzファイル形式に対応

サンプルファイルとはユーザーが決定したい未知の塩基配列を含むファイルです。

Mutation Surveyor ヘテロ接合

様々なレポート出力

​グラフィカルレポート/スタンダードレポート/カスタムレポート

Mutation SurveyorにはMutationプロジェクトの情報詳細を表す様々なグラフィカルベースやテキストベースのレポートやカスタマイズ可能なレポートがあります。これらのレポートは全て、GADの一部または全ての情報についてレポート形式で出力します。また、メインメニューのDisplayメニューから使用できます。これらのレポートは全て、Mutationプロジェクトデータについての重要な情報を表すのにカラフルな凡例を使用しています。これらのレポートはプリントアウトやPDF、Excel、テキスト、画像形式で保存が可能です。

 
Mutation Surveyor, ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合

グラフィカルレポート。上から順にプロジェクトレビュワレポート、グラフィックディスプレイレポート、クリニカルレポート(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合

スタンダードレポート(HGVSレポート)(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合

カスタムレポート(左からFilter設定タブ、Format設定タブ、Nomenclature設定タブ)

(図をクリックすると拡大します) 日本語詳細ページへ移動

 

ベースパッチ機能によるシーケンスエラー補正

ベースパッチはMutation Surveyor 独自の機能です。この機能によりベースラインノイズを減じたりピークをシャープにしたりすることが可能です。またシーケンストレースのモビリティシフトにおける問題を補正します。

Mutation Surveyor ヘテロ接合

ベースパッチ機能使用時(右)とベースパッチ機能不使用時(左)の2つの解析結果

(ベースパッチ機能以外のパラメーターはすべて同一の設定)

ベースパッチ機能を使用している右図はMutation Electropherogram(最下段)のノイズがベースパッチ機能を使用していない左図より少なく、ベースパッチ機能を使用している右の方がレーンクオリティスコアとPhred-likeスコアも大きくなっています.ベースパッチ機能はトレースクオリティを全体的に向上させ、より良いアライメントとミューテーション検出を行えます.

 

バリアントナレッジベースとユーザーマネジメントシステム

​バリアントナレッジベース

version 5.0から第二世代DNAシーケンサーデータ統合解析ソフトウェアNextGENe(ネクストジーン)でも使用できるバリアントナレッジデータベースを搭載しました。このデータベースにより、dbSNPやdbNSFP、COSMICなどバリアントデータベース由来情報のアノテーションや、擬陽性やアーチファクトなど手動で削除したバリアントをカスタムナレッジベースへ登録することができるようになりました。日本語詳細ページへ

※Reference & Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。またdbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。

 
Mutation Surveyor ヘテロ接合

​ユーザーマネジメントシステムとオーディットトレイル

ユーザーマネージメントシステムでは、管理者によるユーザーパスワード設定や各アクセス権設定が可能です。各ユーザーのアクセス権は管理者によってのみ決定され、権限のないユーザーが誤ってプロジェクトを変更したり、設定済みの解析パラメーターを変えてしまったりすることを防げます。ユーザーマネージメントシステムの搭載により、研究室内の多くの人がソフトウェアを使用することにより生じる混乱が解消され、快適かつ効率的な解析が可能になります。また解析プロジェクトのバリアントコール編集などの履歴がユーザーとともに記録されます。(日本語詳細ページへ ユーザーマネジメント オーディットトレイル

 
Mutation Surveyor ヘテロ接合

ユーザーマネジメントシステム設定。ユーザーをグループに分け、グループごとに機能へのアクセス権設定が行えます。(図をクリックすると拡大します)

Mutation Surveyor ヘテロ接合

Edit History。プロジェクト内のバリアント編集等の記録がユーザー名や日時とともに記録され、編集前後の値を確認できます。(図をクリックすると拡大します)

 

データの自動バッチ処理

Mutation Surveyor の自動解析ツールは、さまざまなシーケンスプロジェクトのバッチ処理が可能です。この機能により所定の時間間隔で多くの解析を無人で実行できます。

ジョブファイルは、プロジェクト設定やサンプルトレースファイルおよびリファレンストレースファイルの指定、解析レポート設定などが可能です。(日本語詳細ページへ

Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
 

​ミトコンドリアDNA解析

Mutation SurveyorソフトウェアはミトコンドリアDNA解析にも対応しています。リファレンスとしてミトコンドリアDNAのGenBankファイルをロードすると、GenBankファイルのタグを認識し自動的にミトコンドリアDNAの遺伝コードを採用。環状ゲノムの開始点/終始点を自動的に認識して、正確にアノテーションを行います。ユーザーが手動で修正する必要はありません。(日本語詳細ページへ

Mutation Surveyor ヘテロ接合
 

​DNAメチレーション解析

Mutation Surveyorは、バイサルファイト処理シーケンスのDNAメチル化解析にも対応しています。目的範囲をカバーするGenBank塩基配列をSEQ File Editorツールによりリファレンス用配列へと変換後、変換した塩基配列を元にリファレンス波形ファイルを自動合成します。この合成リファレンス波形ファイルとサンプル波形ファイルをアンチコリレーションテクノロジーによって比較しメチル化サイトを検出します。検出結果は表形式のMethylation レポートとグラフィカルなMethylation Graphical Displayで出力可能です。

Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
Mutation Surveyor ヘテロ接合
 

動作環境

PC

OS:Windows®   32または64 bit OS / Vista, 7, 8 , 10
CPU:シングルコア以上
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

Intel® Powered Macintosh Computer
OS: 10.4.6(要 Parallels desktop for MAC

もしくは Apple Boot Camp)
Windows®   32 or 64 bit OS
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

※Reference & Tracksマネージャを使用する際は64bitOS、12GBのRAMが必要です。またdbSNPやdbNSFPなど大きなトラックをロードする場合は100GBのHDD空き容量が必要です。

 

ライセンス・価格・納期等

※1 スタンドアロン・ネットワークとも2年目以降も同じバージョンのまま使用できますが、

    バージョンアップには別途有償のアップグレード・テクニカルサポート契約が必要です。

    (「アップグレード・テクニカルサポート契約について」ページへ移動する。)

※2 テキストライセンスはPC固定です。アップグレード・テクニカルサポート契約中は正当な

    事由があればPC間のライセンス移行は可能ですが、契約期間外はライセンスのPC移行はできません。

ドングル(MS).png

​​ドングルキー

(スタンドアロンプログラム)

Mutation Surveyor シーケンス ヘテロ
Mutation Surveyor シーケンス ヘテロ

​​日本語マニュアル

※日本語マニュアルは正規商品には含まれず、バイオアップロード合同会社独自の無料サービスとして、商品を使用する目的のみのために使用することを条件に商品を購入した方へ提供しております。

 

カタログおよびユーザーマニュアル

日本語カタログ

ユーザーマニュアル

※日本語の資料をご要望の方はその旨ご連絡ください。

Brochure (English)

​Reference&Track Manager 

ユーザーマニュアル

(Mutation Surveyor ver.5.1.0以降)

​アプリケーションノーApplication note

  • バリアントナレッジベース Variant Knowledge Base (PDF) 

  • ヘテロINDEL検出​ Hetero INDEL Detection (PDF) 

  • 体細胞変異検出 Somatic Mutation Detection (PDF)

  • 変異定量機能 Mutation Quantification (PDF)

  • DNAメチレーション解析 Methylation Analysis (PDF

  • 高頻度可変領域変異検出 Hypervariable Region Variant Detection (PDF)

  • ミトコンドリアDNA解析 Mitochondrial DNA Sequence Analysis (PDF

  • ユーザーマネジメントシステム User Management & Audit Trail  (PDF)

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  • #マイクロサテライト#STR#SSR#VNTR

  • #MLPA#MS-MLPA#MSI#LOH解析

 

※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください。

記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です。

Mutation Surveyor ヘテロ接合