GeneMarker, フラグメント解析

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DNAフラグメント解析ソフトウェア GeneMarker

GeneMarkerソフトウェアは、解析速度、正確性、簡便性を追求したバイオロジスト

に使いやすいDNAフラグメント解析ソフトウェアです。ABI®PRISMなど全てのメジャーなシーケンシングシステムの出力ファイルに対応しており、Amplified Fragment Length Analysis (AFLP®)、 T-RFLPSSR (Short Sequence Repeat)を始めとするマイクロサテライト解析などあらゆるジェノタイピングアプリケーションについて簡便に解析できます。最大1000ジェノタイプデータのバッチ処理が可能です。

  1. 3ステップで簡単設定・テンプレートによる自動解析

  2. ジェノタイピング結果のレビュー

  3. カスタムパネルの作成

  4. 様々なアプリケーションに対応した解析ツールを搭載

  5. Kinship AnalysisツールとRelationship Testingデータベースツール搭載

  6. さまざまな便利機能を搭載

  7. 動作環境

※ぜひご自分のデータでお試しください【35日間フリートライアルの申し込みはこちら

GeneMarker, フラグメント解析
  • 独自技術による波形直接比較

  • Indelアレルのずれて重なった波形を分離・ヘテロIndel検出

※1 スタンドアロン・ネットワークとも2年目以降も同じバージョンのまま

    使用できますが、バージョンアップには別途有償のアップグレード・

    テクニカルサポート契約が必要です。

※2 テキストライセンスはPC固定です。アップグレード・テクニカル

    サポート契約中は正当な事由があればPC間のライセンス移行は可能です

    が、契約期間外はライセンスのPC移行はできません。

3ステップで簡単設定・テンプレートによる自動解析
ピーク検出からサイジング、ジェノタイピングまでを3ステップのガイドに従って実行できます。使用するサイズスタンダードやパネル、解析設定はまとめてテンプレートとして保存し、後の解析でそのテンプレートを使用して簡単、迅速に解析を実行できます(例:マイクロサテライト解析6ローカス40サンプルデータの処理:約3秒)。

アプリケーションノート

  • New Technology Size Calling (PDF)

  • Fragile X Application (PDF)

  • MLPA (PDF)

  • MS-MLPA (PDF)

  • MLPA Luminex Application (PDF)

  • MSI Application (PDF)

  • Aneuploidy Analysis Application (PDF)

  • Database Searching Kinship Analysis (PDF)

  • GM Kinship Analysis (PDF)

  • Genotype Merge Tool (PDF)

  • Haplotype Analysis (PDF)

  • LOH application (PDF)

  • Microsatellite and Pedigree Technical Note (PDF)

  • AFLP® Application (PDF)

  • Yale AFLP Analysis comparison (PDF)

  • Capillary Tilling Application (PDF)

  • SBE-SNaPshot™ Application (PDF)

  • SNPlex™ Application (PDF)

  • SNPWave® Application (PDF)

  • T-RFLP Application (PDF)

  • Trisomy Application (PDF)

  • Clustering Algorithms (PDF)

  • Analysis of MegaBACE™ Data with GeneMarker® Software (PDF)

 

RunWizard1枚目のTemplate Selectionボックス(​上図左)では、既存のテンプレートの他、パネルやサイズスタンダード、Analysis Typeを指定します。選択するAnalysis Typeにより2枚目以降のパラメーター値や設定項目が変わります。2枚目のData Processボックスは、Raw Data Analysisセクション、Size Callセクション、Allele Callセクションの3セクションから構成されます。3枚目のAdditional SettingsはAnalysis Typeオプションで選択した解析に依存します。

左:Size Standardオプションでは各社のサイズスタンダードが選択できます。

 

右:Analysis TypeはFragment(Animal)Fragment(Plant)、SNaPshot、AFLP、MLPA、SNPlexの6タイプを選択できます。

ジェノタイピング結果のレビュー
アレルコール後のデータはメイン解析ウインドウ(Main Analysis Window)でレビューできます。メイン解析ウインドウはサンプルファイルツリー(右上図左)、エレクトロフェログラム、ピークテーブル(右図では非表示)、レポートテーブル(同右)で構成され、それぞれ連携して動作します。

サンプルツリーの各サンプル横のマーク(緑、黄、赤)はサイジングのクオリティを、レポートテーブルのアレルコール横のマーク(緑、黄、赤)はソフトウェアによって評価されたアレルコールのクオリティ(Passed、Check、Failed)を表しています。

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レポートテーブルで警告を示す黄色や赤色のマークで示されたアレルコールクオリティの低いピークには、エレクトロフェログラム上でも黄色や赤色のラベルが付き、ピークテーブル上では該当するピークのQuality Reason列にその理由が表示されます(右図のCheckピークのQuality Reasonは「SR:Saturated (Repaired)」)。​アレルコールのConfirmや編集は右クリックメニューから行えます。

右図:Preferenceの表示設定から、アレルラベルなど各表示方法の指定ができます。右図のエレクトロフェログラムでは各マイクロサテライトマーカーを示すボックスを段違いに全て表示し、ピーク高をピーク頂部に表示するよう設定しています。

GeneMarker, フラグメント解析

アレルコールのレビューには、一画面でサンプルの各ダイカラーのエレクトロフェログラムを表示するBrowze by All Colorsも使用できます。メイン解析ウインドウとBrowze by All Colors画面は連携しており、Browze by All Colorsでアレルコールに施した編集はメイン解析ウインドウに反映されます。

また、Overlay Viewツールを使ってプロジェクト内全サンプルまたは選択したサンプルのエレクトロフェログラムの重ね合わせ表示が可能です。完全な重ね合わせのほかOffsetバーを使って各サンプルエレクトロフェログラムをずらして表示したり、三次元表示したりすることも可能です。

右図:エレクトロフェログラムのOverlay表示

左上:40サンプルデータの2D Overlay(Offset 0%)

右下:40サンプルデータの2D Overlay(Offset 37%)

​(画像をクリックすると拡大します。)

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GeneMarker, フラグメント解析
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カスタムパネルの作成

カスタムパネルファイルの作成もパネルエディタを使って容易に行えます。データファイル由来のシグナル情報を用いたマーカーやBinの自動定義、マウス操作で必要なマーカーやアレルのBinを定義するマニュアル作成、またはその両方を用いてカスタムパネルを作成できます。ABIパネルファイル(Panelファイル(.txt), Binファイル(.txt))をインポートして使用することも可能です。

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GeneMarker, フラグメント解析
 

様々なアプリケーションに対応した解析ツールを搭載
GeneMarkerは、GeneProbe®、MRC Holland、Abbott Diagnostics、Asuragen®Fragile X やカスタムケミストリーを利用したアプリケーションなど、様々なアプリケーション用解析モジュールを搭載しています。

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Kinship AnalysisツールとRelationship Testingデータベースツール搭載

Relationship Testingデータベースを搭載し、血縁解析(Kinship Analysis)が可能です。プロジェクト内やデータベースから同一ジェノタイプのデータを検索したり、血縁関係を持つサンプルデータの検索が可能です。野生生物集団や畜産、水産養殖分野における血縁関係の同定を簡単に行えます。

 

Pedigree Chartツールではエレクトロフェログラムと連携した家系図作成が可能です。家系図内ノードとGeneMarkerで解析したジェノタイプデータを紐付けると、メンデル遺伝則に矛盾するマーカーやローカスをもつノードをソフトウェアが自動的に識別します。家系図内ノードはエレクトロフェログラムとリンクされ、矛盾しているマーカーやローカスは、1クリックで家族メンバーの同じアレルとともにエレクトロフェログラムで確認することが可能です。

 

さまざまな便利機能を搭載

同プロジェクト内リプリケートサンプルのジェノタイピング結果を迅速に比較するReplicate Comparisonツールや、プロジェクト同士を比較するProject Comparisonツールなど解析クオリティと解析速度を向上させるための多くのツールを搭載しています。またユーザーマネジメントシステムを搭載し、GeneMarkerにログインするユーザーのパスワード設定や機能へのアクセス制限設定、情報編集履歴のオーディットトレイルなども可能です。

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動画資料

​・ GeneMarkerソフトウェア紹介(English) (View)

・ カスタムパネルの作成(English) (View)

・ MLPA® 解析(English) (View)

・ 異数性/トリソミー解析(English)  (View)

・ 血縁解析およびクラスタリング解析(English) (View)
・ 複数マルチプレックスプロジェクトの統合(English) (View)
・ GeneMarkerを用いたFragile X 解析(English) (View)

​日本語カタログ

​Brochure (ENG)

ユーザーマニュアル

※日本語の資料をご要望の方はその旨ご連絡ください。

 

動作環境(ver.3.0.0現在)

PC

OS:Windows®   32 or 64 bit OS: Vista, 7, 8 , 10
CPU:シングルコア以上
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

Intel® Powered Macintosh Computer
OS: 10.4.6(要 Parallels desktop for MAC

もしくは Apple Boot Camp)
Windows®   32 or 64 bit OS
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

 

カタログおよびユーザーマニュアル

※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください.

記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です.

バイオアップロード合同会社

TEL : 0284-22-4213 FAX : 0284-22-4223

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