フラグメント解析 GeneMarker
 

バイオアップロード合同会社は栃木県足利市に所在する専門輸入商社です。シーケンシングプラットフォームから独立した唯一の正規輸入代理店として、GeneMarkerソフトウェアを始めとする米国SoftGenetics社が開発した全てのデータ解析ソフトウェアと全ライセンスをSoftGenetics社から直接輸入し日本で販売しています。

 

DNAフラグメント解析ソフトウェア
GeneMarker

GeneMarkerソフトウェアは、パワフルでバイオロジストに使いやすいDNAフラグメント解析ソフトウェアです。ABI®PRISM、Applied Biosystems SeqStudio™、Promega Spectrum Compact CEシステムなど全てのメジャーなシーケンシングシステムの出力ファイルに対応しており、AFLP®(Amplified Fragment Length Analysis )、 T-RFLPSSR (Short Sequence Repeat)やSTR (Short Tandem Repeat)を始めとするマイクロサテライト多型解析などのジェノタイピングアプリケーションや、MLPA(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification)MSI(Microsatellite Instability)トリプレットリピート伸長解析などのアプリケーションに対応しています。最大1,000データのバッチ処理が可能です。

3ステップで簡単設定・テンプレートによる自動解析
ピーク検出からサイジング、ジェノタイピングまでを3ステップのガイドに従って実行できます。使用するサイズスタンダードやパネル、解析設定はまとめてテンプレートとして保存し、後の解析でそのテンプレートを使用して簡単、迅速に解析を実行できます(例:マイクロサテライト解析6ローカス40サンプルデータの処理:約3秒)。

 
GeneMarker
フラグメント解析 GeneMarker

RunWizard1枚目のTemplate Selectionボックス(​上図左)では、既存の解析テンプレートを選択できます。テンプレートを選択しない場合は、解析に使用するパネルやサイズスタンダード、Analysis Typeを指定します。選択するAnalysis Typeにより2枚目以降の設定項目やデフォルト値が変わります。

2枚目のData Processボックスは、Raw Data Analysisセクション・Size Callセクション・Allele Callセクションの3セクションから構成されます。Raw Data Analysisセクションではプルアップピークや飽和ピークの自動補正などのRawデータ解析オプションを、Size CallセクションではLocal SouthernかCubic Splineが選択可能です。Allele Callセクションでは、ピークの検出閾値のほか、ローカス内最大ピーク高に対する相対ピーク高によるローカス内ピークフィルタリングや、アレルピーク高に対する相対ピーク高によるStutterピークフィルタリングなどが設定できます。

3枚目のAdditional SettingsはAnalysis Typeオプションで選択した解析に依存します。各Analysis Typeに共通のピーク形状などから算出するピークスコアの閾値設定のほか、Analysis Typeで「MLPA」を選択した場合は、リファレンスプローブピーク高を用いた正規化オプションやクオリティコントロールの設定が行えます。

GeneMarker DNAフラグメント解析

Run Wizard 3枚目 Additional Settings (MLPA解析選択時)。コントロールプローブ(リファレンスプローブ)を用いた正規化法やDフラグメントやQフラグメントを用いたクオリティコントロール設定が選択できます。(画像をクリックすると拡大します。)

フラグメント解析 GeneMarker
フラグメント解析 GeneMarker

左:Size Standardオプションでは各社のサイズスタンダードが選択できます。

 

右:Analysis TypeはFragment(Animal)Fragment(Plant)、SNaPshot、AFLP、MLPA、SNPlexの6タイプを選択できます。

【動画(1分58秒)】データのロードとRun Wizardを使ったジェノタイピング

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ジェノタイピング結果のレビュー
アレルコール後のデータはメイン解析ウインドウ(Main Analysis Window)でレビューできます。メイン解析ウインドウはサンプルファイルツリー(下図左)、エレクトロフェログラム、ピークテーブル(下図では非表示)、レポートテーブル(同右)で構成され、それぞれ連携して動作します。

サンプルツリーの各サンプル横のマーク(緑、黄、赤)はサイジングのクオリティを、レポートテーブルのアレルコール横のマーク(緑、黄、赤)はソフトウェアによって評価されたアレルコールのクオリティ(Passed、Check、Failed)を表しています。

 
GeneMarker, フラグメント解析

クオリティの低いアレルコールや失敗したコールは、レポートテーブルやエレクトロフェログラム上で警告を示す黄色や赤色のアイコンで示され、ピークテーブルのQuality Reason列にその理由が表示されます(下図のCheckピークのQuality Reasonは「SR:Saturated (Repaired)」)。​ソフトウェアによるアレルコールの削除やConfirmなどの編集、手動でのアレルコール追加は右クリックメニューから行えます。

GeneMarker, フラグメント解析

Preferenceの表示設定から、アレルラベルなど各表示方法の指定ができます。上図のエレクトロフェログラムでは位置的に重なる各マイクロサテライトマーカーレンジを示すボックスを段違いに表示し、ピーク高をピーク頂部に表示するよう設定しています。

 

レポートテーブル

GeneMarker DNAフラグメント解析

アレルコールはレポートテーブルにレポートされます。レポートテーブルには5つのレポートタイプがあります(アレルリスト、マーカーテーブル、Binテーブル、ピークテーブル、アレルカウント:上図はマーカーテーブル)。レポートテーブルはエレクトロフェログラムやサンプルツリーとリンクしており、レポートされたアレルコールのエレクトロフェログラムをすぐに確認できます。レポートテーブルからもアレルコールを編集でき、レポートテーブル上で選択した複数のアレルコールを一度にDeleteやConfirmできます。またマーカーのクオリティやアレルの昇順・降順で各列の並び順を変更できるため、効率的なレビューが可能です。​(画像をクリックすると拡大します。)

 

Browze by All Colorを用いたアレルコールのレビュー

GeneMarker DNAフラグメント解析

一画面に各ダイのエレクトロフェログラムを表示するBrowze by All Colorsもレビューに使用できます。Browze by All Colors画面でも、アレル編集オプションを使用してソフトウェアによるアレルコールを削除したり手動でアレルコールを追加したりすることが可能です。

(画像をクリックすると拡大します。)

 

家系図ツールを用いたアレルコールのレビュー

GeneMarker DNAフラグメント解析

Pedigree Chartツールでもアレルコールの編集が可能です。作成した家系図とデータセットのジェノタイピング結果を紐付け、ソフトウェアに識別されたメンデル遺伝則に矛盾するマーカーやローカスについて親子の各エレクトロフェログラムを迅速に比較し、アレルコールを評価、手動でアレルコールを追加できます。

(画像をクリックすると拡大します。)

 

リプリケート比較機能

GeneMarker フラグメント解析

Replicate Comparisonツール。同一サンプルのリプリケートを解析することで、アレルドロップアウトや他の一般的なアーチファクトの影響を把握し、信頼性の高いコンセンサスジェノタイプを推定することが可能です。GeneMarkerではReplicate Comparisonツールを使って同じサンプルのリプリケートを迅速に比較できます。比較結果はレポートテーブルに表示され(上図右)、各リプリケートのエレクトロフェログラムが並んで表示されます(上図左)。各マーカーのアレルコールを比較したり、ピークサイズやピーク高、ピーク下面積の数値差の範囲を指定して比較したりできます。レポートテーブルはタブ区切りのテキストファイルでエクスポートできます。

(画像をクリックすると拡大します。)

GeneMarker DNAフラグメント解析

Replicate Comparisonツールのレポートテーブルはマーカーの各リプリケートのアレルコールのほか、各マーカーの「Status」とそのローカスの「Final Genotype」を表示します。マーカーの「Status」列には、各リプリケートが同じアレルコールだった場合C(Concordant)、リプリケートのアレルコールが異なる場合D(Discordant)、いくつかのリプリケートにアレルコールが無い場合N(Null)が表示されます。Status列のコールがC(Concordant)かN(Null)のマーカーについては、そのFinal Genotypeは自動的に使用できるジェノタイプが選択されます。Status列のコールがD(Discordant)のマーカーについては、そのローカスのジェノタイプをドロップダウンリストからユーザーが選択できます。

(画像をクリックすると拡大します。)

 

Overlay View

フラグメント解析 GeneMarker
フラグメント解析 GeneMarker

Overlay Viewツールを使ってプロジェクト内全サンプルまたは選択したサンプルのエレクトロフェログラムの重ね合わせ表示が可能です。完全な重ね合わせのほかOffsetバーを使って各サンプルエレクトロフェログラムをずらして表示したり、三次元表示したりすることも可能です。

上:18サンプルの全色オーバーレイ表示(Offset 17%)

下:40サンプルデータの単色オーバーレイ表示(Offset 37%)

​​(画像をクリックすると拡大します。)

 

直感的な操作性

GeneMarker DNAフラグメント解析

エレクトロフェログラムは拡大縮小アイコンのほか、マウス操作でボックスを描くことで拡大縮小できます。またY軸は表示範囲の最大ピークが明確に視認できるよう自動的に調整されます。(固定することも可能です。)(画像をクリックすると拡大します。)

 

ローカスごとの再アレルコール

GeneMarker DNAフラグメント解析

マーカー(ローカス)やダイ、サンプルを選択して、変更したアレルコール設定で再コールを行えます。ローカス特異的なアーチファクトピークをフィルタアウトするようローカス単位で設定して再アレルコールすることなどが可能です。(画像をクリックすると拡大します。)

 

パネルの管理とカスタムパネルの作成

カスタムパネルファイルの作成もパネルエディタを使って容易に行えます。サイジングしたサンプルエレクトロフェログラムのオーバーレイを用いてマーカーレンジやBinの自動定義、マウス操作で必要なマーカーレンジやアレルBinを定義するマニュアル作成、またはその両方を用いてカスタムパネルを作成できます。ABIパネルファイル(Panelファイル(.txt), Binファイル(.txt))をインポートして使用することも可能です。

フラグメント解析 GeneMarker
 

様々なアプリケーションに対応した解析ツールを搭載
GeneMarkerは、GeneProbe®、MRC Holland、Abbott Diagnostics、Asuragen®Fragile X やカスタムケミストリーを利用したアプリケーションなど、様々なアプリケーション用解析モジュールを搭載しています。

 

MLPA解析(Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification)

フラグメント解析 GeneMarker

MLPA解析モジュール。エレクトロフェログラムではコントロールサンプルのピーク高との差を視覚的に識別できるよう、実験サンプルとコントロール散布つの各プローブピークが数bp分ずれて重ね合わせて表示されるほか、ピーク高比(またはピーク下面積比)を示すヒストグラムやRatio Plot図が表示されます。またMRC Holland社各キット用の定義済みMLPAパネルがプレロードされています。定義済みMLPAパネルにはクオリティコントロールプローブやリファレンスプローブのBinが予め定義されています。⇒GeneMarkerを使ったMLPA解析詳細ページ(日本語:本サイト内)へ

 

MSI解析(Microsatellite Instability)

フラグメント解析 GeneMarker

MSI解析モジュール。メイン解析画面でサイジング・パネルapplyしたデータが直接ロードされます。MSI解析モジュールのエレクトロフェログラムでは腫瘍部波形と正常部波形が重なって表示され、ピークシフトを視覚的に確認できます。エレクトロフェログラムの下には正常部ー腫瘍部波形のピーク比がヒストグラムで表示され、ピークの変化を直感的にとらえられます。また、各マーカーにおける最大ピークに対する相対ピーク高によるピークフィルタリングやStutterピークフィルタリングにより、典型的なピークシフトや検討を要するピークパターンの検出においてユーザーをサポートします。

フラグメント解析 GeneMarker

MSI解析レポート。選択した正常部-腫瘍部ペアやマーカーについてエレクトロフェログラムやヒストグラムを含めたレポートを出力できます。レポートはプリントアウトするほか、画像ファイルやPDFファイルで保存することも可能です。

トリプレットリピート伸長解析

 

GeneMarkerソフトウェアのRepeat Expansionアプリケーションは、DNAフラグメントサイズ(上図)をリピート配列長に変換し、リピート数の計算を行います。Mobility係数は既知のリピートフラグメントをもつキャリブレータ―サンプルから自動的に算出されます。また研究室で評価した数値をマニュアルで入力することも可能です(下図)。解析結果テーブルはExcelファイル(.xls)やテキストファイル(.txt)、PDFファイル(.pdf)、画像ファイル(.png, .jpg)などでサンプルごとに出力したり、プロジェクトサマリレポートとして出力したりすることができます。

フラグメント解析 GeneMarker
フラグメント解析 GeneMarker

下図(A)既存の解析テンプレートを選択するか、新規解析テンプレートを作成します。(B)リピートカテゴリー(Normal、Intermediate、Premutation、Full Mutation等を示す記号。最大6文字まで)、リピート数のCutoff値、レポートでのハイライトカラーを指定します。(C)キャリブレータサンプルを使って補正係数を計算します。もしくは任意の数値をマニュアルで入力します。

 

Kinship AnalysisツールとRelationship Testingデータベースツール搭載

Relationship Testingデータベースを搭載し、血縁解析が可能です。プロジェクト内やデータベースから同一ジェノタイプのデータを検索したり、血縁関係を持つサンプルデータの検索が可能です。野生生物集団や畜産、水産養殖分野における血縁関係の同定を簡単に行えます。

 

Pedigree Chartツールではエレクトロフェログラムと連携した家系図作成が可能です。家系図内ノードとGeneMarkerで解析したジェノタイプデータを紐付けると、メンデル遺伝則に矛盾するマーカーやローカスをもつノードをソフトウェアが自動的に識別します。家系図内ノードはエレクトロフェログラムとリンクされ、矛盾しているマーカーやローカスは、1クリックで家族メンバーの同じアレルとともにエレクトロフェログラムで確認することが可能です。

フラグメント解析 GeneMarker
フラグメント解析 GeneMarker
 

さまざまな便利機能を搭載

プロジェクト同士を比較するProject Comparisonツールなど解析クオリティと解析速度を向上させるための多くのツールを搭載しています。またユーザーマネジメントシステムを搭載し、GeneMarkerにログインするユーザーのパスワード設定や機能へのアクセス制限設定、情報編集履歴のオーディットトレイルなども可能です。

フラグメント解析 GeneMarker

Phylogeny Clusteringツール

フラグメント解析 GeneMarker
フラグメント解析 GeneMarker

ユーザーマネジメントシステム

動画資料

​・ GeneMarkerソフトウェア紹介(English) (View)

・ カスタムパネルの作成(English) (View)

・ MLPA® 解析(English) (View)

・ 異数性/トリソミー解析(English)  (View)

・ 血縁解析およびクラスタリング解析(English) (View)
・ 複数マルチプレックスプロジェクトの統合(English) (View)
・ GeneMarkerを用いたFragile X 解析(English) (View)

 

動作環境(ver.3.0.1現在)

PC

OS:Windows®   32または64 bit OS / Vista, 7, 8 , 10
CPU:シングルコア以上
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

Intel® Powered Macintosh Computer
OS: 10.4.6(要 Parallels desktop for MAC

もしくは Apple Boot Camp)
Windows®   32 or 64 bit OS
動作メモリ:2GB RAM
必要HDD容量:20 GB 空き容量

ライセンス・価格・納期等

 

※1 スタンドアロン・ネットワークとも2年目以降も同じバージョンのまま使用できますが、

    バージョンアップには別途有償のアップグレード・テクニカルサポート契約が必要です。

    (「アップグレード・テクニカルサポート契約について」ページへ移動する。)

※2 テキストライセンスはPC固定です。アップグレード・テクニカルサポート契約中は正当な

    事由があればPC間のライセンス移行は可能ですが、契約期間外はライセンスのPC移行はできません。

GeneMarker

​​ドングルキー

(スタンドアロンプログラム)

GeneMarker DNAフラグメント解析ソフトウェア
GeneMarker DNAフラグメント解析ソフトウェア

​​日本語マニュアル

※日本語マニュアルは正規商品の内容には含まれず、バイオアップロード合同会社独自の無料サービスとして、商品を使用する目的のみに使用することを条件に商品を購入した方へ差し上げております。

 

カタログおよびユーザーマニュアル

​日本語カタログ

ユーザーマニュアル

※日本語の資料をご要望の方はその旨ご連絡ください。

※特定のアプリケーションに特化した簡易カタログをご要望の方はその旨ご連絡ください。

​Brochure (ENG)

アプリケーションノート

  • New Technology Size Calling (PDF)

  • Fragile X Application (PDF)

  • MLPA (PDF)

  • MS-MLPA (PDF)

  • MLPA Luminex Application (PDF)

  • MSI Application (PDF)

  • Aneuploidy Analysis Application (PDF)

  • Database Searching Kinship Analysis (PDF)

  • GM Kinship Analysis (PDF)

  • Genotype Merge Tool (PDF)

  • Haplotype Analysis (PDF)

  • LOH application (PDF)

  • Microsatellite and Pedigree Technical Note (PDF)

  • AFLP® Application (PDF)

  • Yale AFLP Analysis comparison (PDF)

  • Capillary Tilling Application (PDF)

  • SBE-SNaPshot™ Application (PDF)

  • SNPlex™ Application (PDF)

  • SNPWave® Application (PDF)

  • T-RFLP Application (PDF)

  • Trisomy Application (PDF)

  • Clustering Algorithms (PDF)

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  • ヒト細胞株認証

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※本製品は研究用です。研究用以外の目的で使用しないでください。

記載の社名および製品名は、SoftGenetics社または各社の商標または登録商標です。

フラグメント解析 GeneMarker