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SoftGenetics　フラグメント解析

米国SoftGenetics社は効率的でバイオロジストに使いやすい遺伝学的解析ソフトウェアのリーディングカンパニーです。

Mutation Surveyor、GeneMarker、NextGENeなど彼らが開発したソフトウェアは、研究者の変化するニーズに合わせて開発されています。SoftGeneticsは設立以来、遺伝学的解析をリードする最先端のパワーツールを提案し続けています。

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SoftGenetics

GeneMarker　DNAフラグメント解析ソフトウェア

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GeneMarkerソフトウェアは、解析速度、正確性、簡便性を追求したバイオロジストフレンドリーDNAフラグメント解析ソフトウェアです。ABI®PRISM, SCIEXなど全てのメジャーなシーケンシングシステムの出力ファイルに対応しており、Amplified Fragment Length Analysis (AFLP®), T-RFLP, SSRを始めとするマイクロサテライト解析などあらゆるジェノタイピングアプリケーションについて簡便に解析できます。最大1000ジェノタイプデータのバッチ処理が可能です。

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３ステップで簡単設定・テンプレートによる自動解析
ピーク検出からサイジング、ジェノタイピングまでをシンプルな３ステップのガイドに従って実行できます。使用するサイズスタンダードやパネル、解析設定はまとめてテンプレートとして保存することが可能で、後の解析でそのテンプレートを使用して簡単、迅速に解析を実行できます（例：マイクロサテライト解析6ローカス40サンプルデータの処理：約3秒）。

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様々なアプリケーションに対応した解析ツールを搭載
GeneProbe®, MRC Holland, Abbott Diagnostics, Asuragen®Fragile Xやカスタムケミストリーを利用したアプリケーションなど、様々なアプリケーション用解析モジュール(製品ページへ）を搭載しています。

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Kinship AnalysisツールとRelationship Testingデータベースツール搭載

Relationship Testingデータベースを搭載しています。プロジェクト内やデータベースから同一ジェノタイプをもつサンプルデータの検索や、血縁関係を持つサンプルデータの検索が可能です。また同プロジェクト内のリプリケートサンプルのジェノタイピング結果を比較するReplicate Comparisonツールやプロジェクト間を比較するProject Comparisonツールなど解析クオリティと速度を向上させるための多くのツールを搭載しています。ユーザーマネジメントシステムを搭載し、複数ユーザーのパスワード設定やアクセス制限設定、情報編集履歴の記録なども可能です。

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Mutation Surveyor

サンガーシーケンス変異解析ソフトウェア

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Mutation Surveyor ソフトウェアは、ダイレクトシーケンス、PCRシーケンス、ミトコンドリアDNAシーケンス、リシーケンスプロジェクトにおけるSNP、挿入欠失（Indel)、体細胞変異など変異解析に特化したサンガーシーケンス変異解析ソフトウェアです．変異型シーケンス波形データと野生型シーケンス波形データのピーク同士を直接比較しその差異を検出する「アンチ-コリレーションテクノロジー」により、サンガーシーケンスデータから99.5%の正確性とプライマリピークの5%の感度での変異検出を実現しています．Applied Biosystemsジェネティックアナライザーなど主要なキャピラリーシーケンサーから出力されるABI/AB1ファイル(.abi/.ab1)、SCFファイル（.scf）などのファイル形式に対応しています．優れた正確性、感度、低擬陽性で、最大2,000シーケンスファイルを15分で解析することが可能です．

Mutation Surveyorは研究者や検査従事者にとって便利な多くのツールを備えています。

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シーケンス波形データからヘテロ接合Indelを自動検出

​（製品ページへ）

混合波形データからヘテロ接合挿入・欠失の自動検出が可能です．混合波形データをデコンボリューション（Deconvolution）により野生型アレル波形と変異型アレル波形に分離し、変異型アレル波形を野生型波形データへ再アライメントして挿入・欠失の位置を決定します．

MS
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NextGENe　 第二世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア

 

NextGENeはIon Torrent Proton, Roche FLX, Applied BioSystems SOLiD™ やllumina® の各プラットフォームなどの各ハイスループットシステムや、ION PGM™, Roche Junior, Illumina MiSeqから出力されるシーケンスデータのデスクトップ解析用ソフトウェアです。 NextGENeソフトウェアはWindows® OSで稼働し、ポイント&クリックインターフェースのバイオロジストフレンドリーな ソフトウェアです。

アプリケーション（抜粋）

GA
Geneticist Assistant

Geneticist Assistant

NGSヒト変異データ管理＆解釈支援ワークベンチ

 

 NGS（Next Generation Sequencing）ヒト変異データ管理＆解釈支援ワークベンチGeneticist Assistant（ジェネティシストアシスタント）は、エキソームシーケンスや遺伝子パネルシーケンスから得られるヒト変異データをインハウスで統合的に管理できるワークベンチです。メイヨークリニックのLaboratory Medicine, Information Technology and Health Science Research Departmentsとのコラボレーションで開発されました。サンプル単位の変異リストをVCF（Variant Call Format）ファイルとBAMファイル（オプション）でRunごとにデータベースにアップロードし、サンプルの変異情報をパネルや患者情報と紐づけて統合的に管理できます。使用した遺伝子パネルのターゲット領域を定義したBEDファイルから各領域情報をインポートしてデータベース内にパネルとして登録できます。同一Run内のサンプルや、同一パネルを使用した複数サンプル間の変異比較などデータ解釈を支援するツールとして使用できるほか、潜在的な病原性変異の探索を目的としたヒストリカルナレッジデータベースとして利用できます。

NG
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ChimerMarker STR－PCR法キメリズム解析ソフトウェア

 

STR(Short Tandem Repeat)－PCR法キメリズム解析ソフトウェアChimerMarker は、同社製DNAフラグメント解析ソフトウェアGeneMarker（ジーンマーカー）をベースにした、迅速かつ正確なキメリズム解析が可能なバイオロジストに使いやすいDNAフラグメント解析ソフトウェアです。アロジェニックもしくは自家両方の幹細胞移植や造血幹細胞移植、骨髄移植、末梢血幹細胞移植後サンプルでのキメリズムレベルを定量的にモニタリングするために使用することができます。移植前ドナー、レシピエントサンプルのSTRデータからキメリズム解析用パネルをソフトウェアが自動で作成し、移殖後サンプルデータからドナー由来ピークとレシピエント由来ピークを自動検出します。ドナーとレシピエントで共通するアレルは自動的に無視され、識別可能なアレルを用いて解析が行われます。ChimerMarkerソフトウェアにより正確かつ迅速なジェノタイピングとキメリズム解析が可能です；

CM
HID
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