Mutation SurveyorソフトウェアはミトコンドリアDNA解析にも対応しています。ミトコンドリアDNAのGenBankファイルをロードした場合、ソフトウェアはGenBankファイルのタグを認識し、自動的にミトコンドリアDNA独自の遺伝コードを採用します。また、環状ゲノムの開始点/終始点を自動的に認識して、正確にアノテーションを行います。ユーザーが手動で修正する必要はありません。

​また、Mutation Quantifier機能を使ってヘテロプラスミー変異のような低存在率の変異検出や定量を行えます。