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同一個体由来の正常細胞と腫瘍細胞（colorectal, breast elevated- microsatelliteinstability-at-selected-tetranucleotide-repeats (EMAST), bladder cancer）を比較します。この不安定性はDNAミスマッチ修復機構(MMR)の欠陥によりDNA複製中にリピートユニットの挿入や欠失が修復されないために生じるといわれています。GeneMarkerのMSI解析モジュールは、対応するピーク同士の

比較に基づいて腫瘍サンプルと正常サンプルの比較を行います。エレクトロフェログラムでは、腫瘍サンプルトレースはリファレンスの赤いトレースに重ね合わせて表示されるため、解析者は簡単にマイクロサテライト不安定性が生じている場所を確認することができます。解析レポートはカスタマイズ可能です。電子署名ヘッダや腫瘍-正常ピークのオーバーレイ、ピーク比較ヒストグラムとgain/lossテーブルがレポートされます。